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- PDB-2qew: Rat cytosolic PEPCK, in complex with manganese ion. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qew
タイトルRat cytosolic PEPCK, in complex with manganese ion.
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / PEPCK (ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ) / gluconeogenesis (糖新生)
機能・相同性
機能・相同性情報


糖新生 / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process ...糖新生 / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / cellular hypotonic response / cellular response to fructose stimulus / cellular hypotonic salinity response / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / carboxylic acid binding / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / cellular hyperosmotic response / positive regulation of memory T cell differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / cellular hyperosmotic salinity response / response to lipid / response to starvation / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / cellular response to dexamethasone stimulus / response to nutrient levels / response to activity / 糖新生 / cellular response to glucose stimulus / response to bacterium / response to insulin / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / GDP binding / glucose metabolic process / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sullivan, S.M. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structures of rat cytosolic PEPCK: insight into the mechanism of phosphorylation and decarboxylation of oxaloacetic acid.
著者: Sullivan, S.M. / Holyoak, T.
履歴
登録2007年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: entity_name_com / Item: _entity_name_com.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7774
ポリマ－69,6441
非ポリマー1333
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.448, 119.046, 60.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69643.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / プラスミド: PGEX4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P07379, ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12-30% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.4, 10 mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月28日 / 詳細: Blue osmic confocal
放射モノクロメーター: Blue osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 53469 / Num. obs: 53469 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. unique all: 5077 / Χ2: 0.979 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KHG

1khg


解像度: 1.8→24.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.936 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 2721 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.18 53450 --
obs0.18 53450 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.05 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4819 0 3 579 5401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0791.9626752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4665621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12424.196224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58515859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5041530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.22426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23375
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3951.53067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73124942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10632009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8474.51805
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 195 -
Rwork0.301 3442 -
obs-3637 90.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1203-0.3469-1.14141.9320.6781.2232-0.02170.2036-0.0037-0.21560.0663-0.0164-0.0823-0.0762-0.04460.0232-0.0202-0.03210.07860.0077-0.00131.049-16.76-20.306
21.13080.0191-0.39650.7476-0.54211.44810.0925-0.0676-0.1030.1050.0140.0240.2488-0.0124-0.10640.00650.0087-0.0259-0.0068-0.01980.0144-1.854-19.4494.752
33.96562.88851.99852.93861.85762.6449-0.29120.0795-0.2101-0.28410.2578-0.4721-0.19330.05890.0334-0.0063-0.01360.0486-0.0013-0.03030.086615.02611.552-0.066
40.9399-0.1086-0.42420.76880.3770.4390.05870.02460.0636-0.0480.0351-0.0374-0.00460.0097-0.0938-0.0091-0.0032-0.01320.0415-0.01270.03582.867-10.436-6.093
50.3205-0.89660.05393.17290.16390.15820.04960.04290.0124-0.0576-0.03030.021-0.0320.021-0.0192-0.0265-0.01340.0080.082-0.01940.0571.621-0.023-3.032
62.729-0.1549-0.79590.15980.00690.7733-0.0176-0.134-0.19750.01280.0137-0.0076-0.0488-0.00640.0038-0.00030.0010.00680.03520.01790.0685-14.2057.75413.59
70.9671.1435-0.58241.3537-0.60754.77520.0088-0.4572-0.4030.04190.0652-0.28910.02390.1722-0.07390.00620.00630.01070.01160.06690.1121-13.0131.13821.729
82.3665-0.4337-1.03611.61010.51240.5216-0.00240.0774-0.0483-0.1543-0.04150.02960.1182-0.01420.0439-0.0383-0.0026-0.01050.0350.0030.0531-14.7147.2246.109
90.9428-0.52720.68571.26160.05391.7540.0061-0.0535-0.02180.24240.02130.16910.06140.0122-0.02740.0368-0.02940.00740.02610.00660.0138-7.058-13.96917.655
108.48750.2957-6.20164.2803-0.10348.9957-0.1482-0.7867-0.60480.6568-0.0005-0.25710.44450.69910.14870.10670.0413-0.10630.01960.0673-0.08251.554-23.16924.915
110.6215-0.53480.17151.2850.15020.1549-0.0073-0.0082-0.00460.1367-0.03850.1050.01090.01520.04590.0138-0.01190.02040.07460.02370.0266-10.39-2.67111.339
121.1550.1559-0.13380.26060.250.6974-0.0551-0.0744-0.128-0.00820.0335-0.0464-0.0180.00320.02160.015-0.0072-0.01330.02370.01980.04492.10213.73913.339
131.88230.5295-0.33250.5008-0.23550.5988-0.0074-0.2621-0.15560.0354-0.06310.053-0.00280.00530.0704-0.00660.0101-0.01160.06350.02760.0154-9.32912.66621.865
141.69770.3208-0.2760.63560.00481.0206-0.0004-0.28470.04240.1085-0.0678-0.0496-0.07990.01660.06820.0080.0121-0.02980.0452-0.0015-0.0029-0.3220.05923.471
151.21620.43030.68352.33841.815912.78170.0587-0.04680.01680.09150.0206-0.2968-0.13820.276-0.0793-0.0007-0.0011-0.05430.00710.01760.06524.63628.99618.46
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 445 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2AA45 - 9447 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3AA95 - 11697 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4AA117 - 224119 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5AA225 - 260227 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6AA261 - 286263 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7AA287 - 302289 - 304
8X-RAY DIFFRACTION8AA303 - 328305 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9AA329 - 373331 - 375
10X-RAY DIFFRACTION10AA374 - 392376 - 394
11X-RAY DIFFRACTION11AA397 - 435399 - 437
12X-RAY DIFFRACTION12AA436 - 499438 - 501
13X-RAY DIFFRACTION13AA500 - 546502 - 548
14X-RAY DIFFRACTION14AA547 - 607549 - 609
15X-RAY DIFFRACTION15AA608 - 622610 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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