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万見
- PDB-2q3g: Structure of the PDZ domain of human PDLIM7 bound to a C-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3g
タイトルStructure of the PDZ domain of human PDLIM7 bound to a C-terminal extension from human beta-tropomyosin
要素PDZ and LIM domain protein 7
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / filamentous actin / RET signaling / stress fiber / ruffle / 骨化 / receptor-mediated endocytosis / 接着結合 / Z disc ...muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / filamentous actin / RET signaling / stress fiber / ruffle / 骨化 / receptor-mediated endocytosis / 接着結合 / Z disc / マイクロフィラメント / actin binding / heart development / actin cytoskeleton organization / 細胞分化 / focal adhesion / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PDZ and LIM domain protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Gileadi, C. / Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Salah, E. / Gileadi, O. / Umeano, C. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Uppenberg, J. ...Gileadi, C. / Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Salah, E. / Gileadi, O. / Umeano, C. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Uppenberg, J. / Pike, A.C.W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Unusual binding interactions in PDZ domain crystal structures help explain binding mechanisms
著者: Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Phillips, C. / Wang, J. / Muniz, J.R. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年6月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ and LIM domain protein 7
B: PDZ and LIM domain protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8276
ポリマ－18,6052
非ポリマー2224
水4,756264
1
A: PDZ and LIM domain protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3652
ポリマ－9,3031
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PDZ and LIM domain protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4624
ポリマ－9,3031
非ポリマー1603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.052, 55.404, 57.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the two molecules found in the asu represent two biological units

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要素

#1: タンパク質 PDZ and LIM domain protein 7 / LIM mineralization protein / LMP / Protein enigma


分子量: 9302.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDLIM7 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) with with pRARE plasmid encoding rare codon tRNAs,(chloramphenicol-resistant)
参照: UniProt: Q9NR12
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES; 10% isopropanol; 20% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9182 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→39.84 Å / Num. all: 58681 / Num. obs: 58329 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.038
反射 シェル解像度: 1.11→1.15 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homoly based model

解像度: 1.11→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.657 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15679 2946 5.1 %RANDOM
Rwork0.13143 ---
all0.13272 58681 --
obs0.13272 55322 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 13 271 1689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.9721987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46532480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg26.9035202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65623.68457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.61815240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5791511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2790.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6221.5975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5871.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24821509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6673568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4714.5467
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.21132768
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.2143272
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.26932428
LS精密化 シェル解像度: 1.11→1.138 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.151 197 -
Rwork0.123 3991 -
obs--99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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