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万見
- PDB-2pzv: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzv
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N from Pseudomonas Putida (pksi) with bound Phenol
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / transition state analog bound
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENOL / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Pybus, B. / Caaveiro, J.M.M. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2006
タイトル: Testing Electrostatic complementarity in Enzyme Catalysis: Hydrogen Bonding in the Ketosteroid Isomerase Oxyanion Hole
著者: Kraut, D.A. / Sigala, P.A. / Pybus, B. / Liu, C.W. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Herschlag, D.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年6月12日ID: 2B32
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
C: Steroid Delta-isomerase
D: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5678
ポリマ－58,1904
非ポリマー3764
水5,711317
1
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2834
ポリマ－29,0952
非ポリマー1882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
2
C: Steroid Delta-isomerase
D: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2834
ポリマ－29,0952
非ポリマー1882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.905, 50.540, 72.290
Angle α, β, γ (deg.)90.02, 89.98, 110.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 14547.515 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M ammonium sulphate, 7% (v/v) 2-propanol, 40 mM potasium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 119468 / Num. obs: 111105 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.415

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→22.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.344 / SU ML: 0.044 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: hydrogens have been added in the riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 11094 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.188 110554 86.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å2-0.03 Å20.11 Å2
2---0.19 Å20.09 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→22.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4016 0 28 322 4366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0241.9445675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1575541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16424.049205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45315682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6721533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.22071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.22928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8591.52636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.94824162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.90131736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7124.51494
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.2134372
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.4463322
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.54234044
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 634 -
Rwork0.318 5696 -
obs-6330 66.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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