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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pgi | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE-AN ENZYME WITH AUTOCRINE MOTILITY FACTOR ACTIVITY IN TUMOR CELLS | ||||||
要素 | PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASEグルコースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE (グルコースリン酸イソメラーゼ) / AUTOCRINEFACTOR / NEUROLEUKIN / MOTILITY (運動性) / GLYCOLYSIS (解糖系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルコースリン酸イソメラーゼ / glucose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative binding / 糖新生 / glycolytic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Y.-J. / Chou, C.-C. / Chen, W.-S. / Meng, M. / Hsiao, C.-D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: The crystal structure of a multifunctional protein: phosphoglucose isomerase/autocrine motility factor/neuroleukin. 著者: Sun, Y.J. / Chou, C.C. / Chen, W.S. / Wu, R.T. / Meng, M. / Hsiao, C.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977 タイトル: Crystallographic Structure Analysis of Glucose 6-Phosphate Isomerase at 3.5 A Resolution 著者: Shaw, P.J. / Muirhead, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pgi.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pgi.ent.gz | 78.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pgi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50202.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: PGIB / プラスミド: PMMB67EH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF2145 参照: UniProt: P13376, グルコースリン酸イソメラーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30.7 Å / Num. obs: 24024 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 21.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 83.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 104060 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.362 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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