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- PDB-2pfv: S. cerevisiae Exo70 with additional residues to 2.1 Angrstrom res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfv
タイトルS. cerevisiae Exo70 with additional residues to 2.1 Angrstrom resolution
要素Exocyst complex component EXO70Exocyst
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


exocyst assembly / exocyst localization / Insulin processing / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / vesicle docking involved in exocytosis / cellular bud neck ...exocyst assembly / exocyst localization / Insulin processing / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / vesicle docking involved in exocytosis / cellular bud neck / mating projection tip / エキソサイトーシス / Rho protein signal transduction / 小胞 / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / small GTPase binding / protein transport / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tetracycline Repressor; domain 2 - #60 / 5 helical Cullin repeat like - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1150 / Exocyst complex component Exo70 / Exocyst complex component Exo70 N-terminal / Exocyst complex subunit Exo70, C-terminal / Exocyst complex component Exo70 / Exo70 exocyst complex subunit C-terminal / 5 helical Cullin repeat like / Cullin repeat-like-containing domain superfamily ...Tetracycline Repressor; domain 2 - #60 / 5 helical Cullin repeat like - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1150 / Exocyst complex component Exo70 / Exocyst complex component Exo70 N-terminal / Exocyst complex subunit Exo70, C-terminal / Exocyst complex component Exo70 / Exo70 exocyst complex subunit C-terminal / 5 helical Cullin repeat like / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Monooxygenase / Tetracycline Repressor; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component EXO70
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Moore, B.A. / Robinson, H.H. / Xu, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of mouse Exo70 reveals unique features of the mammalian exocyst.
著者: Moore, B.A. / Robinson, H.H. / Xu, Z.
履歴
登録2007年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exocyst complex component EXO70


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6221
ポリマ－64,6221
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.541, 60.073, 222.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exocyst complex component EXO70 / Exocyst / Exocyst complex protein of 70 kDa


分子量: 64621.535 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 62-623 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EXO70 / プラスミド: pSJ7D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P19658
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20.5% PEG 300, 0.2M lithium chloride, 0.1M glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日 / 詳細: Vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 9.9 / 数: 222788 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.9 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 64253 / % possible obs: 95.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.525099.510.0686.6176.5
3.594.5299.910.0643.0716.9
3.143.5910010.0771.9667.1
2.853.1410010.1091.2727.2
2.652.8510010.140.9637.1
2.492.6510010.1820.7776.9
2.372.4999.510.2230.6736.3
2.262.3794.610.2710.615.5
2.182.2685.610.3080.6634.9
2.12.187410.3570.5133.9
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 64253 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.905 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Num. unique all: 2679 / Χ2: 0.513 / % possible all: 74

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.6 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.39 / 反射: 18846
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
10.34823.874170.555SE39.31.42
229.76735.699205.458SE441.46
338.44728.295153.842SE38.81
432.55343.845154.566SE51.90.98
542.584.654210.526SE49.41
645.06555.515207.707SE601.07
733.93223.809148.551SE44.80.66
815.3529.607158.817SE19.80.33
932.30931.326214.476SE601.14
107.32138.387169.871SE34.70.43
113.40233.792170.944SE29.90.3
127.15257.28199.243SE12.90.21
1327.13752.098203.912SE600.47
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.19-300.351038
5.86-9.190.491636
4.6-5.860.452070
3.91-4.60.452424
3.45-3.910.432651
3.13-3.450.382884
2.88-3.130.323022
2.68-2.880.273121
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.63 / 反射: 18846 / Reflection acentric: 16162 / Reflection centric: 2684
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.4-29.7670.910.940.86929595334
4.6-7.40.860.90.7226692129540
3.7-4.60.850.870.7432792761518
3.3-3.70.770.780.6432162813403
2.8-3.30.580.590.4755084915593
2.6-2.80.410.420.3332452949296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.09位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→40.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 102660.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2968 4.9 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs-60854 88.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.434 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.51 Å20 Å20 Å2
2--16.86 Å20 Å2
3----10.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4304 0 0 111 4415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.082.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 299 4.3 %
Rwork0.316 6617 -
obs-6916 60.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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