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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p45 | ||||||
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タイトル | Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNASE A at 1.1A resolution: SE5B-ORTHO-1 crystal form with five se-met sites (L4M, M34, M51, F68M, M83) in vhh scaffold. | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / SEMET PHASING / CAMELID SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / VHH / CAB-RN05 / RNASE A / YEAST SURFACE DISPLAY / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: Toward chaperone-assisted crystallography: protein engineering enhancement of crystal packing and X-ray phasing capabilities of a camelid single-domain antibody (VHH) scaffold 著者: Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p45.cif.gz | 105.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p45.ent.gz | 86 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p45.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p45 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 13341.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX SCREEN, SOLUTION #74: LI2SO4, PEG 3350, BIS-TRIS BUFFER, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97955,0.97934 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 90838 / Num. obs: 90838 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.876 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.278 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20 /
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