PDB-2p42: Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p42

タイトル

Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNASE A at 1.8A resolution: SE3-mono-2 crystal form with three se-met sites (M34, M51, M83) in vhh scaffold

要素

ANTIBODY CAB-RN05
Ribonuclease pancreaticPancreatic ribonuclease family

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / SEMET PHASING / CAMELID SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / VHH / CAB-RN05 /

RNASE A / YEAST SURFACE DISPLAY. / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease /

ribonuclease A activity / RNA nuclease activity /

nucleic acid binding /

lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Toward chaperone-assisted crystallography: protein engineering enhancement of crystal packing and X-ray phasing capabilities of a camelid single-domain antibody (VHH) scaffold
著者: Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2007年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

Remark 999

SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p42.cif.gz	112.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p42.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p43C 2p44C 2p45C 2p46C 2p47C 2p48C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pou-d 2p44-d 3qsk-d 4r9h-1 2p49-d 2p48-d 2g30-d 2p4a-2 4r9h-2 1szi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: ANTIBODY CAB-RN05

C: Ribonuclease pancreatic

D: ANTIBODY CAB-RN05

ヘテロ分子

53.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

B: ANTIBODY CAB-RN05

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribonuclease pancreatic

D: ANTIBODY CAB-RN05

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.545, 55.002, 65.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Pancreatic ribonuclease family / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 抗体	ANTIBODY CAB-RN05 分子量: 13245.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES -1 TO 0 IN CHAIN B ARE CLONING ARTIFACTS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX SCREEN, SOLUTION #85: MGCL2, PEG3350, HEPES BUFFER, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97955, 0.97936

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日 / 詳細: MIRROR

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97955	1
2	0.97936	1

反射

解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 44260 / Num. obs: 44260 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.095

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.372 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21544	2228	5 %	RANDOM
R_work	0.17053	-	-	-
all	0.17275	44260	-	-
obs	0.17275	42032	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.93 Å²	0 Å²	1.22 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3722	0	1	473	4196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.131	1.889	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.702	2.143	7568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.489	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.355	24.152	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.808	15	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.222	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.256	1.5	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.278	1.5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.531	2	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.511	3	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.467	4.5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.851 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	131	-
R_work	0.187	2571	-
obs	-	-	82.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1311	0.4106	-0.0116	0.7879	0.1675	0.5651	0.0325	0.0646	-0.0181	0.0359	-0.0433	0.0131	0.1178	-0.0612	0.0108	-0.0034	-0.0235	0.0026	-0.0176	-0.0156	-0.0536	8.1187	-9.1674	11.0718
2	1.5084	0.6838	-1.1331	0.8763	-0.6584	1.0665	0.0824	-0.0082	0.042	-0.0106	-0.0147	0.0103	-0.0308	-0.0101	-0.0677	-0.0142	-0.0151	-0.0049	-0.0145	0.0074	-0.0385	33.1774	9.28	1.0942
3	1.1052	0.3017	-0.4715	0.6741	-0.1921	0.8007	-0.0195	-0.0323	-0.0043	0.0086	0.0643	-0.0224	-0.0917	0.0997	-0.0448	-0.0219	-0.0179	-0.0211	-0.01	-0.0209	-0.0501	-12.9235	10.158	21.3111
4	1.5653	0.798	-0.0375	0.9641	-0.0972	0.2576	-0.0257	-0.0357	-0.0333	0.0554	-0.0037	-0.0442	0.0137	0.013	0.0294	-0.0106	-0.0028	0.0022	-0.0261	0.0003	-0.0269	-39.034	-7.3802	32.1136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 325
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	125 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	122 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	326 - 328
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	126 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	332 - 339
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	214 - 220
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	329 - 331
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	132 - 253
13	X-RAY DIFFRACTION	3	D	122 - 124
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 121
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	125 - 215
16	X-RAY DIFFRACTION	4	C	254 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	4	D	216 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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