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- PDB-2ozf: The crystal structure of the 2nd PDZ domain of the human NHERF-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozf
タイトルThe crystal structure of the 2nd PDZ domain of the human NHERF-1 (SLC9A3R1)
要素Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PDZ domain (PDZドメイン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine receptor binding / import across plasma membrane / channel activator activity / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / renal phosphate ion absorption / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import ...dopamine receptor binding / import across plasma membrane / channel activator activity / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / renal phosphate ion absorption / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / bile acid secretion / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / intracellular phosphate ion homeostasis / cilium organization / plasma membrane organization / stereocilium tip / gland morphogenesis / myosin II binding / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / growth factor receptor binding / establishment of Golgi localization / fibroblast migration / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of fibroblast migration / chloride channel regulator activity / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / auditory receptor cell stereocilium organization / nuclear migration / regulation of protein kinase activity / beta-2 adrenergic receptor binding / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / 微絨毛 / transport across blood-brain barrier / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞内膜系 / phosphatase binding / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / sperm midpiece / ruffle / filopodium / PDZ domain binding / cell periphery / protein localization to plasma membrane / morphogenesis of an epithelium / brush border membrane / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / beta-catenin binding / Wntシグナル経路 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / : / マイクロフィラメント / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Phillips, C. / Papagrigoriou, E. / Gileadi, C. / Fedorov, O. / Elkins, J. / Berridge, G. / Turnbull, A.P. / Gileadi, O. / Schoch, G. / Smee, C. ...Phillips, C. / Papagrigoriou, E. / Gileadi, C. / Fedorov, O. / Elkins, J. / Berridge, G. / Turnbull, A.P. / Gileadi, O. / Schoch, G. / Smee, C. / Bray, J. / Savitsky, P. / Uppenberg, J. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Umeano, C. / Salah, E. / Colebrook, S. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the 2nd PDZ domain of the human NHERF-1 (SLC9A3R1)
著者: Phillips, C. / Papagrigoriou, E. / Gileadi, C. / Fedorov, O. / Elkins, J. / Berridge, G. / Turnbull, A.P. / Gileadi, O. / Schoch, G. / Smee, C. / Bray, J. / Savitsky, P. / Uppenberg, J. / von ...著者: Phillips, C. / Papagrigoriou, E. / Gileadi, C. / Fedorov, O. / Elkins, J. / Berridge, G. / Turnbull, A.P. / Gileadi, O. / Schoch, G. / Smee, C. / Bray, J. / Savitsky, P. / Uppenberg, J. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Umeano, C. / Salah, E. / Colebrook, S. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9441
ポリマ－9,9441
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.304, 54.715, 96.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-353-

HOH

詳細The biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Na+/H+ exchange regulatory cofactor NHE-RF / NHERF-1 / Regulatory cofactor of Na+/H+ ...EBP50 / Na+/H+ exchange regulatory cofactor NHE-RF / NHERF-1 / Regulatory cofactor of Na+/H+ exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform 3 regulatory factor 1


分子量: 9944.247 Da / 分子数: 1 / 断片: Second PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3R1, NHERF / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M NaNO3, 0.1M BTProp, 20% PEG 3350, 10% Ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9183 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.53 Å / Num. all: 18038 / Num. obs: 18038 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.601 / Num. unique all: 1826 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.594 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21057 902 5 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
all0.17239 17112 --
obs0.17239 17112 95.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数700 0 0 150 850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.991966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3931264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.346599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.5823.46226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2315132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.226157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2620.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.290
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4320.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0861.5482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9121.5192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8712759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.13250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0914.5203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.49431286
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.0373150
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.53431215
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 64 -
Rwork0.181 1268 -
obs--99.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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