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- PDB-2ovi: Structure of the Heme Binding Protein ChuX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovi
タイトルStructure of the Heme Binding Protein ChuX
要素Hypothetical protein chuX仮説
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN (リガンド) / METAL TRANSPORT / 2 sets of 9 antiparallel beta sheet core flanked by 2 sets of 3 helices and another 2 sets of helices / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性Intracellular heme transport protein HutX-like / Haem utilisation ChuX/HutX / HemS/ChuS/ChuX like domains / Heme iron utilization protein-like fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Heme utilization carrier protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Suits, M.D.L. / Pal, G.P. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structure and heme binding properties of Escherichia coli O157:H7 ChuX.
著者: Suits, M.D. / Lang, J. / Pal, G.P. / Couture, M. / Jia, Z.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A PAIR OF CHUX HOMODIMERS, SUGGESTED FROM THE CRYSTAL STRUCTURE AND SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein chuX
B: Hypothetical protein chuX
C: Hypothetical protein chuX
D: Hypothetical protein chuX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4114
ポリマ－73,4114
非ポリマー00
水6,485360
1
A: Hypothetical protein chuX
D: Hypothetical protein chuX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7062
ポリマ－36,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein chuX
C: Hypothetical protein chuX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7062
ポリマ－36,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.560, 76.560, 140.864
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細The biological assembly is a pair of ChuX homodimers, suggested from the crystal structure and size exclusion chromatography

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein chuX / 仮説 / ShuX-like protein


分子量: 18352.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli大腸菌 / 株: O157:H7, EDL933, EHEC / 遺伝子: chuX, ECs4384, Z4915 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8X5N5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40 mg/ml protein, equal amount of protein solution and reservoir solution consisting of 1.50 M Ammonium sulfate, 50mM Hepes, pH 7.5, 2% (v/v) PEG 400, crystal appeared after 2-4 days, ...詳細: 40 mg/ml protein, equal amount of protein solution and reservoir solution consisting of 1.50 M Ammonium sulfate, 50mM Hepes, pH 7.5, 2% (v/v) PEG 400, crystal appeared after 2-4 days, cryoprotection: Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C10.9795
シンクロトロンNSLS X12C21.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年4月15日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年4月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.11
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 50833 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique all: 5077 / Χ2: 0.701 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97950.47-2.21
13 wavelength20.97970.82-14.27
13 wavelength31.10.63-2.23
Phasing dmFOM : 0.48 / FOM acentric: 0.47 / FOM centric: 0.5 / 反射: 35240 / Reflection acentric: 34324 / Reflection centric: 916
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.3-19.9310.640.660.4915811476105
3.9-6.30.490.490.4849584777181
3.1-3.90.460.450.662356067168
2.8-3.10.480.480.6162496109140
2.4-2.80.510.510.531110910898211
2.2-2.40.350.350.2151084997111

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→50 Å / FOM work R set: 0.837 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 3137 6.2 %
Rwork0.213 --
obs-47915 94.4 %
溶媒の処理Bsol: 72.994 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 49.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.216 Å20 Å20 Å2
2---3.216 Å20 Å2
3---6.432 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4832 0 0 360 5192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.3311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.6362
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.5772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.3952.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.05-2.060.279650.293780845
2.06-2.080.346590.291773832
2.08-2.090.298590.304784843
2.09-2.110.38570.292798855
2.11-2.120.298490.287813862
2.12-2.140.27530.266833886
2.14-2.160.278400.28769809
2.16-2.170.292650.269870935
2.17-2.190.325620.266847909
2.19-2.210.284490.242822871
2.21-2.230.254620.219843905
2.23-2.250.291610.236881942
2.25-2.270.295590.258838897
2.27-2.290.301620.248886948
2.29-2.310.296540.241908962
2.31-2.330.3640.232863927
2.33-2.350.288480.225894942
2.35-2.380.27750.224831906
2.38-2.40.305570.229915972
2.4-2.430.312660.232859925
2.43-2.460.268670.226907974
2.46-2.490.27660.219874940
2.49-2.520.268770.233901978
2.52-2.550.232500.218930980
2.55-2.580.377600.229896956
2.58-2.620.23570.183897954
2.62-2.660.327660.2269391005
2.66-2.70.25620.21908970
2.7-2.740.312700.229381008
2.74-2.780.247640.212892956
2.78-2.830.31710.2369351006
2.83-2.880.269730.227914987
2.88-2.940.357790.2349221001
2.94-30.241670.228923990
3-3.060.288650.2249601025
3.06-3.130.321630.234898961
3.13-3.210.252610.2359701031
3.21-3.30.315670.2159441011
3.3-3.40.286590.21936995
3.4-3.510.231630.2139541017
3.51-3.630.264720.2179481020
3.63-3.780.234660.1949391005
3.78-3.950.209570.1959431000
3.95-4.160.207770.1889531030
4.16-4.420.152680.1589431011
4.42-4.760.207660.1569651031
4.76-5.230.21610.1799501011
5.23-5.990.268650.229661031
5.99-7.540.231610.2469561017
7.54-500.207710.2139701041
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4hdm_xplor_par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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