PDB-2ol7: The crystal structure of OspA mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ol7

タイトル

The crystal structure of OspA mutant

要素

Outer surface protein A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

beta-sheet (Βシート)

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane /

細胞膜 /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Borrelia burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Makabe, K. / Terechko, V. / Koide, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: beta-Strand Flipping and Slipping Triggered by Turn Replacement Reveal the Opportunistic Nature of beta-Strand Pairing
著者: Makabe, K. / Yan, S. / Tereshko, V. / Gawlak, G. / Koide, S.

履歴

登録	2007年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ol7.cif.gz	214.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ol7.ent.gz	171.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ol7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ol6C 2ol8C 2oy1C 2g8cS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uf2-3 2oy1-d 1ete-1 3uf2-5 6j6b-d 2wpv-3 6kwu-d 2jks-d 5tx4-d 3uf2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer surface protein A

B: Outer surface protein A

52.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer surface protein A

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Outer surface protein A

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.127, 55.333, 64.789
Angle α, β, γ (deg.)	85.68, 74.05, 86.45
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Outer surface protein A 分子量: 26412.645 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 27-273 変異: E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, GLU104S, K107S, F126I, N127I, E128I, K129D, E131I, V132I, SER133I, K239S, E240S, K254S 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) 遺伝子: ospA / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45040, UniProt: P0CL66*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Outer surface protein A

分子量: 26412.645 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 27-273
変異: E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, GLU104S, K107S, F126I, N127I, E128I, K129D, E131I, V132I, SER133I, K239S, E240S, K254S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: ospA / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45040, UniProt: P0CL66*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 6% isopropanol, 200mM NaCl, and 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 103051 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 18.87
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / Num. unique all: 10015 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2G8C

2g8c

解像度: 1.35→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 1.902 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21819	5139	5 %	RANDOM
R_work	0.18367	-	-	-
all	0.1854	97870	-	-
obs	0.1854	97870	95.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0.22 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-0.31 Å²	-0.2 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3767	0	0	568	4335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.994	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.749	3	8448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.118	5	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.637	28.083	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.997	15	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.9	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.245	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.043	1.5	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.678	1.5	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.168	2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.469	3	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.414	4.5	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.142	3	8455
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.202	3	568
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.475	3	7328

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.386 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	354	-
R_work	0.188	6713	-
obs	-	-	88.49 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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