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- PDB-2okx: Crystal structure of GH78 family rhamnosidase of Bacillus SP. GL1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okx
タイトルCrystal structure of GH78 family rhamnosidase of Bacillus SP. GL1 AT 1.9 A
要素Rhamnosidase B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha barrel / rhamnosidase / glycoside hydrolase family 78 / invertase (サッカラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-rhamnosidase / alpha-L-rhamnosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial alpha-L-rhamnosidase N-terminal / Alpha-L-rhamnosidase N-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, concanavalin-like domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase concanavalin-like domain / Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 ...Bacterial alpha-L-rhamnosidase N-terminal / Alpha-L-rhamnosidase N-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, concanavalin-like domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase concanavalin-like domain / Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-L-rhamnosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cui, Z. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Glycoside Hydrolase Family 78 alpha-L-Rhamnosidase from Bacillus sp. GL1
著者: Cui, Z. / Maruyama, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnosidase B
B: Rhamnosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,42849
ポリマ－212,3082
非ポリマー4,12047
水31,6161755
1
A: Rhamnosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,16824
ポリマ－106,1541
非ポリマー2,01423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rhamnosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,26025
ポリマ－106,1541
非ポリマー2,10624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15730 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area60490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.744, 119.985, 207.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rhamnosidase B


分子量: 106153.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: GL1 / 遺伝子: rhaB / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93RE7, alpha-L-rhamnosidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13.5%(W/V) PEG 8000, 0.08M sodium cacodylate, 0.16M calcium acetate, 20%(V/V) glycerol, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL38B111
シンクロトロンSPring-8 BL38B120.97916
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU JUPITER 2101CCD2006年3月20日MIRRORS
RIGAKU JUPITER 2102CCD2005年3月15日MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SILSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SILSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979161
反射解像度: 1.9→49.4 Å / Num. obs: 188971 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.78 / FOM acentric: 0.79 / FOM centric: 0.74 / 反射: 80307 / Reflection acentric: 73605 / Reflection centric: 6702
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.3-103.8420.880.90.8237432922821
4.5-7.30.870.880.81091396161297
3.6-4.50.880.880.8213562123591203
3.2-3.60.820.830.7513610125811029
2.7-3.20.730.730.6824057224761581
2.5-2.70.650.650.581442213651771

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.06位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SAD MODEL

解像度: 1.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3179334.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 18716 9.9 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 188458 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.06 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.87 Å20 Å20 Å2
2---3.69 Å20 Å2
3----4.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14954 0 262 1755 16971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 2876 9.9 %
Rwork0.253 26036 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAMACT.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARAMGOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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