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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nz8 | ||||||
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タイトル | N-terminal DHPH cassette of Trio in complex with nucleotide-free Rac1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chhatriwala, M.K. / Betts, L. / Worthylake, D.K. / Sondek, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The DH and PH Domains of Trio Coordinately Engage Rho GTPases for their Efficient Activation 著者: Chhatriwala, M.K. / Betts, L. / Worthylake, D.K. / Sondek, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 299.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 310.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | There is one biological unit in each assymetric unit (complex between Rac1 and Trio DH/PH) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19710.764 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble part (residues 1-177) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36561.953 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal DH/PH cassette (residues 1226-1535) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 5.5 to 6.5, 14 to 18% (w/v) PEG 8000, and 300-500 mM calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月29日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si (220) cryogenically cooled monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 39574 / Num. obs: 39416 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.069 / Χ2: 1.824 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 3903 / Rsym value: 0.524 / Χ2: 1.124 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: residues 1231-1390 of PDB entry 1NTY and residues 1-177 of PDB entry 1FOE 解像度: 2→19.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.565 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.241 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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