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- PDB-2nrz: Crystal structure of the C-terminal half of UvrC bound to its cat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nrz
タイトルCrystal structure of the C-terminal half of UvrC bound to its catalytic divalent cation
要素UvrABC system protein C
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / uvrC / RNAse H (リボヌクレアーゼH) / endonuclase / helix hairpin helix / UvrABC / NER / divalent cation / manganese (マンガン)
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / DNA damage response / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UvrC, RNAse H endonuclease domain / : / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrABC system, subunit C / UvrC, RNAse H endonuclease domain superfamily / UvrC RNAse H endonuclease domain / UvrC family, homology region profile. / GIY-YIG type nucleases (URI domain) / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG catalytic domain ...UvrC, RNAse H endonuclease domain / : / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrABC system, subunit C / UvrC, RNAse H endonuclease domain superfamily / UvrC RNAse H endonuclease domain / UvrC family, homology region profile. / GIY-YIG type nucleases (URI domain) / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / GIY-YIG endonuclease superfamily / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UVR domain / UVR domain profile. / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / UvrABC system protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Karakas, E. / Truglio, J.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
著者: Karakas, E. / Truglio, J.J. / Croteau, D. / Rhau, B. / Wang, L. / Van Houten, B. / Kisker, C.
履歴
登録2006年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein C
B: UvrABC system protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9385
ポリマ－50,7732
非ポリマー1653
水4,234235
1
A: UvrABC system protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4963
ポリマ－25,3861
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UvrABC system protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4412
ポリマ－25,3861
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.395, 83.853, 100.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein C / Protein uvrC / Excinuclease ABC subunit C


分子量: 25386.404 Da / 分子数: 2
断片: The RNAse H endonuclase and helix hairpin helix domains of UvrC (residues 339-557)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: uvrC / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (CE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9WYA3
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14% PEG 8000, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.01 M manganese chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.009
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 76400 / Num. obs: 38877 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.208 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique all: 7612 / Χ2: 1.001 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2NRR

2nrr


解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 8.33 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1938 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.186 76400 --
obs0.186 38686 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.633 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å2-0.09 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 3 235 3727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9824779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82837859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1475428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.93722.865171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14315680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7931538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.23365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.491.52343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4581.5875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13523476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70931500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9954.51303
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.43737577
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.2113238
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.47436874
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 150 -
Rwork0.185 2697 -
obs-2847 98.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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