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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nod | ||||||
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タイトル | MURINE INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE DIMER (DELTA 65) WITH TETRAHYDROBIOPTERIN AND WATER BOUND IN ACTIVE CENTER | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRIC OXIDE L-ARGININE MONOOXYGENASE / HEME (ヘム) / DIMER / NOS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / cellular response to cytokine stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / beta-catenin binding / 血圧 / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / ペルオキシソーム / 概日リズム / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of nitric oxide synthase oxygenase dimer with pterin and substrate. 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #1: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Characterization of the Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain Identifies a 49 Amino Acid Segment Required for Subunit Dimerization and Tetrahydrobiopterin Interaction 著者: Ghosh, D.K. / Wu, C. / Pitters, E. / Moloney, M. / Werner, E.R. / Mayer, B. / Stuehr, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nod.cif.gz | 186.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nod.ent.gz | 150.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/2nod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/2nod | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.864913, -0.501901, -0.004529), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48998.691 Da / 分子数: 2 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 65-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MURINE INDUCIBLE / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: MACROPHAGE / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 42826 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 66.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NOD 解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: PRONOUNCED ANISOTROPIC DIFFRACTION COMPLICATED INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT. INDIVIDUAL B-FACTORS WERE REFINED TO MINIMIZE R-FREE AND PRODUCE AN AVERAGE COMMENSURATE WITH WILSON SCALING.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: 71% OF BACKBONE / Rms dev Biso : 2 Å2 / Rms dev position: 100 Å / Weight Biso : 0 / Weight position: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.348 |