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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m6t | ||||||
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タイトル | NMR solution structure ensemble of 3-4D mutant domain 11 IGF2R | ||||||
要素 | Insulin-like growth factor 2 receptor variant | ||||||
キーワード | ANTITUMOR PROTEIN / antitumor / directed evolution and high affinity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / 小胞 / receptor-mediated endocytosis / post-embryonic development / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ゴルジ体 / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / 精子形成 / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing | ||||||
Model details | fewest violations, model1 | ||||||
データ登録者 | Strickland, M. / Williams, C. / Richards, E. / Minnall, L. / Crump, M.P. / Frago, S. / Hughes, J. / Garner, L. / Hoppe, H. / Rezgui, D. ...Strickland, M. / Williams, C. / Richards, E. / Minnall, L. / Crump, M.P. / Frago, S. / Hughes, J. / Garner, L. / Hoppe, H. / Rezgui, D. / Zaccheo, O.J. / Prince, S.N. / Hassan, A.B. / Whittaker, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Functional evolution of IGF2:IGF2R domain 11 binding generates novel structural interactions and a specific IGF2 antagonist. 著者: Frago, S. / Nicholls, R.D. / Strickland, M. / Hughes, J. / Williams, C. / Garner, L. / Surakhy, M. / Maclean, R. / Rezgui, D. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Ebner, D. / Sanegre, S. / Yu, S. ...著者: Frago, S. / Nicholls, R.D. / Strickland, M. / Hughes, J. / Williams, C. / Garner, L. / Surakhy, M. / Maclean, R. / Rezgui, D. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Ebner, D. / Sanegre, S. / Yu, S. / Buffa, F.M. / Crump, M.P. / Hassan, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m6t.cif.gz | 826.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m6t.ent.gz | 713.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m6t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15433.587 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1571L ,S1466A, G1467K, K1468G, G1469W, L1470G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59EZ3, UniProt: P11717*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: NMR solution structure ensemble of human domain 11 IGF2R mutated five times in the AB loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 2118 / NOE intraresidue total count: 871 / NOE long range total count: 446 / NOE medium range total count: 41 / NOE sequential total count: 548 / Hydrogen bond constraints total count: 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | Average torsion angle constraint violation: 0 ° コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0068 Å / Distance rms dev error: 0.00139 Å |