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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m5e | ||||||
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タイトル | Structure of the C-domain of Calcium-saturated Calmodulin bound to the IQ motif of NaV1.2 | ||||||
要素 |
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キーワード | CALCIUM-BINDING PROTEIN/METAL TRANSPORT / Calcium Binding Protein (カルシウム結合タンパク質) / NaV1.2 / Ion Channel Gating / IQ Motif / Metal Binding (金属) / Sodium Channels (ナトリウムチャネル) / Metal Transport / Voltage Dependent / Voltage Gated / Calcium Binding Protein-Metal Transport Complex / Neuronal Peptides / EF-Hand (EFハンド) / CALCIUM-BINDING PROTEIN-METAL TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leucine zipper domain binding / membrane depolarization during action potential / axon initial segment / sodium ion binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / corpus callosum development / paranode region of axon / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential ...leucine zipper domain binding / membrane depolarization during action potential / axon initial segment / sodium ion binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / corpus callosum development / paranode region of axon / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dentate gyrus development / ランヴィエの絞輪 / optic nerve development / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / axon development / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / 介在板 / enzyme regulator activity / 横行小管 / 髄鞘 / determination of adult lifespan / 記憶 / cerebral cortex development / presynaptic membrane / nervous system development / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / calmodulin binding / 神経繊維 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | minimized average structure, model 1 | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Fowler, C.A. / Feldkamp, M.D. / Yu, L. / Shea, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys. Chem. / 年: 2017 タイトル: Calcium triggers reversal of calmodulin on nested anti-parallel sites in the IQ motif of the neuronal voltage-dependent sodium channel NaV1.2. 著者: Hovey, L. / Fowler, C.A. / Mahling, R. / Lin, Z. / Miller, M.S. / Marx, D.C. / Yoder, J.B. / Kim, E.H. / Tefft, K.M. / Waite, B.C. / Feldkamp, M.D. / Yu, L. / Shea, M.A. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Structural and Energetic Determinants of Apo Calmodulin Binding to the IQ Motif of the NaV1.2 Voltage-Dependent Sodium Channel 著者: Feldkamp, M.D. / Yu, L. / Shea, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m5e.cif.gz | 675.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m5e.ent.gz | 563.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/2m5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/2m5e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8416.313 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-149 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ) 株: d4-2 / 遺伝子: CAM, GSPATT00015825001 / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07463 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3370.088 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1901-1927 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Scn2a, Scn2a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04775 |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: RESIDUES 1901-1903 AND 1925-1927 IN THE PEPTIDE ARE COMPLETELY UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 2721 / NOE intraresidue total count: 492 / NOE long range total count: 399 / NOE medium range total count: 415 / NOE sequential total count: 393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0039 Å / Distance rms dev error: 0.0001 Å |