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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m3o | ||||||
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タイトル | Structure and dynamics of a human Nedd4 WW domain-ENaC complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / WW domain (WWドメイン) / ENaC / Ubiquitin E3 ligase / PEPTIDE BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sensory perception of salty taste / formation of structure involved in a symbiotic process / Sensory perception of salty taste / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / cellular response to vasopressin / sensory perception of sour taste / sperm principal piece / sodium channel complex / ligand-gated sodium channel activity / negative regulation of sodium ion transport ...sensory perception of salty taste / formation of structure involved in a symbiotic process / Sensory perception of salty taste / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / cellular response to vasopressin / sensory perception of sour taste / sperm principal piece / sodium channel complex / ligand-gated sodium channel activity / negative regulation of sodium ion transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / ウイルス排出 / intracellular glucocorticoid receptor signaling pathway / sodium ion homeostasis / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / WW domain binding / phosphothreonine residue binding / receptor catabolic process / cellular response to aldosterone / protein targeting to lysosome / apicolateral plasma membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular response to acidic pH / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / sodium channel inhibitor activity / 繊毛 / proline-rich region binding / RNA polymerase binding / beta-2 adrenergic receptor binding / lysosomal transport / ciliary membrane / neuromuscular junction development / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse organization / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / sodium ion transmembrane transport / phosphoserine residue binding / regulation of macroautophagy / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / regulation of membrane potential / Regulation of PTEN localization / acrosomal vesicle / ubiquitin binding / Stimuli-sensing channels / receptor internalization / ISG15 antiviral mechanism / 血圧 / Regulation of PTEN stability and activity / response to calcium ion / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / neuron projection development / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / 細胞皮質 / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 樹状突起スパイン / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / apical plasma membrane / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / DNA damage response / クロマチン / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Bobby, R. / Medini, K. / Neudecker, P. / Lee, V. / MacDonald, F.J. / Brimble, M.A. / Lott, J. / Dingley, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013 タイトル: Structure and dynamics of human Nedd4-1 WW3 in complex with the alpha ENaC PY motif. 著者: Bobby, R. / Medini, K. / Neudecker, P. / Lee, T.V. / Brimble, M.A. / McDonald, F.J. / Lott, J.S. / Dingley, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m3o.cif.gz | 289.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m3o.ent.gz | 242.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m3o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4971.609 Da / 分子数: 1 / 断片: third WW domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4, KIAA0093, NEDD4-1, PIG53 / プラスミド: pET42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46934 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1058.184 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha ENaC PY peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P37088 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.02 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT AGAINST DISTANCE, TORSION ANGLE AND RDC CONSTRAINTS IN A 8 ANGSTROM WATER SHELL, USING A MODIFIED VERSION OF THE WATERREFCNS SCRIPTS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |