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万見
- PDB-2kii: NMR structure of the SO2144 H-NOX domain from Shewanella oneidens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kii
タイトルNMR structure of the SO2144 H-NOX domain from Shewanella oneidensis in the Fe(II)CO ligation state
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / H-NOX
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
一酸化炭素 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NO-binding heme-dependent sensor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Erbil, W.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A structural basis for H-NOX signaling in Shewanella oneidensis by trapping a histidine kinase inhibitory conformation.
著者: Erbil, W.K. / Price, M.S. / Wemmer, D.E. / Marletta, M.A.
履歴
登録2009年5月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1793
ポリマ－20,5351
非ポリマー6442
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 20534.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO2144, SO_2144 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: Q8EF49
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル / 一酸化炭素


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNHA
1713D HBHA(CO)NH
1813D HN(CA)CO
1913D H(CCO)NH
11013D C(CO)NH
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D (H)CCH-COSY
11313D 1H-13C NOESY
11423D 1H-13C NOESY
11533D 1H-15N NOESY
11622D 13C-filtered [F1,F2] NOESY
11722D 1H-1H NOESY
11822D 1H-1H TOCSY
11922D DQF-COSY
12022D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] H-NOX, DTT, glycerol, K3PO4-1, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] H-NOX, DTT, glycerol, K3PO4-2, 100% D2O100% D2O
30.4-0.8 mM [U-99% 15N] H-NOX, DTT, glycerol, K3PO4-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMH-NOX, DTT, glycerol, K3PO4-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.4-0.81
mMH-NOX, DTT, glycerol, K3PO4-2[U-99% 13C; U-99% 15N]0.4-0.82
mMH-NOX, DTT, glycerol, K3PO4-3[U-99% 15N]0.4-0.83
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX9001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DRXBrukerDRX5004

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解析

NMR software名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, C.D. et al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3262 / NOE intraresidue total count: 941 / NOE long range total count: 717 / NOE medium range total count: 678 / NOE sequential total count: 706
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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