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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kgr | ||||||
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タイトル | Solution structure of protein ITSN1 from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5524A | ||||||
要素 | Intersectin-1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Calcium (カルシウム) / Cell junction (細胞結合) / Cell projection / Coiled coil (コイルドコイル) / Endocytosis (エンドサイトーシス) / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / SH3 domain (SH3ドメイン) / Synapse (シナプス) / Synaptosome / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / intracellular vesicle / NRAGE signals death through JNK / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / intracellular vesicle / NRAGE signals death through JNK / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / クラスリン / EPHB-mediated forward signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein localization / recycling endosome / G alpha (12/13) signalling events / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / 核膜 / molecular adaptor activity / neuron projection / intracellular signal transduction / calcium ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Ghosh, A. / Shastry, R. / Hua, J. / Ciccosanti, C. / Zhang, Q. / Jiang, M. / Swapna, G. / Acton, T. / Xiao, R. ...Wu, Y. / Ghosh, A. / Shastry, R. / Hua, J. / Ciccosanti, C. / Zhang, Q. / Jiang, M. / Swapna, G. / Acton, T. / Xiao, R. / Everett, J. / Montelione, G. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of protein ITSN1 from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5524A 著者: Wu, Y. / Ghosh, A. / Shastry, R. / Hua, J. / Ciccosanti, C. / Zhang, Q. / Jiang, M. / Swapna, G. / Acton, T. / Xiao, R. / Everett, J. / Montelione, G. / Szyperski, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kgr.cif.gz | 681.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kgr.ent.gz | 592.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/2kgr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12614.404 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 210-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN1, ITSN, SH3D1A / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15811 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |