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- PDB-2k2q: complex structure of the external thioesterase of the Surfactin-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2q
タイトルcomplex structure of the external thioesterase of the Surfactin-synthetase with a carrier domain
要素
  • Surfactin synthetase thioesterase subunit
  • Tyrocidine synthetase 3 (Tyrocidine synthetase III)
キーワードLigase/Hydrolase / thioesterase (チオエステル加水分解酵素) / a/b-hydrolase / NRPS / non-ribosomal peptide synthetase / type II thioesterase / Antibiotic biosynthesis / Ligase (リガーゼ) / Multifunctional enzyme / Phosphopantetheine / Sporulation (胞子) / Stress response (闘争・逃走反応) / Ligase-Hydrolase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


amide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / organonitrogen compound biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / carboxylic acid metabolic process / lipid biosynthetic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphopantetheine binding / ligase activity / antibiotic biosynthetic process ...amide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / organonitrogen compound biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / carboxylic acid metabolic process / lipid biosynthetic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphopantetheine binding / ligase activity / antibiotic biosynthetic process / hydrolase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / ACP-like / PKS_PP_betabranch / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain ...Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / ACP-like / PKS_PP_betabranch / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrocidine synthase 3 / Surfactin synthase thioesterase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsheterodimeric NMR solution structure of SrfTEII and TycC3-PCP
データ登録者Koglin, A. / Lohr, F. / Bernhard, F. / Rogov, V.V. / Frueh, D.P. / Strieter, E.R. / Mofid, M.R. / Guntert, P. / Wagner, G. / Walsh, C.T. ...Koglin, A. / Lohr, F. / Bernhard, F. / Rogov, V.V. / Frueh, D.P. / Strieter, E.R. / Mofid, M.R. / Guntert, P. / Wagner, G. / Walsh, C.T. / Marahiel, M.A. / Dotsch, V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the selectivity of the external thioesterase of the surfactin synthetase.
著者: Koglin, A. / Lohr, F. / Bernhard, F. / Rogov, V.V. / Frueh, D.P. / Strieter, E.R. / Mofid, M.R. / Guntert, P. / Wagner, G. / Walsh, C.T. / Marahiel, M.A. / Dotsch, V.
履歴
登録2008年4月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年10月19日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrocidine synthetase 3 (Tyrocidine synthetase III)
B: Surfactin synthetase thioesterase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5582
ポリマ－36,5582
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 200
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Tyrocidine synthetase 3 (Tyrocidine synthetase III)


分子量: 8905.300 Da / 分子数: 1 / 断片: Acyl carrier 3 domain, UNP residues 3033-3112 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア)
属: B. brevis / 遺伝子: tycC / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30409
#2: タンパク質 Surfactin synthetase thioesterase subunit / Cold shock protein CSI16


分子量: 27652.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 生物種: subtilis / 遺伝子: srfAD, srfA4 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08788, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.75 mM 100% 15N; 90% 2H PCP, 0.70 mM 100% 2H; [1H]-FILV TEII, 25 mM potassium phosphate, 80 mM potassium chloride, 1 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMPCP100% 15N; 90% 2H1
0.70 mMTEII100% 2H; [1H]-FILV1
25 mMpotassium phosphate1
80 mMpotassium chloride1
1 mMTCEP1
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
xwinnmr3.5Bruker Biospincollection
xwinnmr3.5Bruker Biospin解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SPARKY3.111Goddardpeak picking
SPARKY3.111Goddardデータ解析
SPARKY3.111Goddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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