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万見
- PDB-2k0z: Solution NMR structure of protein hp1203 from Helicobacter pylori... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0z
タイトルSolution NMR structure of protein hp1203 from Helicobacter pylori 26695. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target PT1/Ontario Center for Structural Proteomics target hp1203
要素Uncharacterized protein hp1203
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / a/b domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhodanese domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Wu, B. / Yee, A. / Lemak, A. / Cort, J. / Semest, A. / Kenney, M.A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of protein hp1203 from Helicobacter pylori 26695. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target PT1/Ontario Center for Structural Proteomics target hp1203.
著者: Wu, B. / Yee, A. / Lemak, A. / Cort, J. / Semest, A. / Kenney, M.A. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2008年2月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein hp1203


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9481
ポリマ－12,9481
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein hp1203


分子量: 12948.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_1223 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25821

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HN(CO)CA
1513D HNCA
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D HBHA(CO)NH
1913D HNHA
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D (H)CCH-COSY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
1141aiv 3D 1H-13C NOESY
21522D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] unknown function protein hp1203 from Helicobacter pylori 26695, 10 mM [U-100% 2H] Tris-HCl, 300 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-7% 13C; U-99% 15N] unknown function protein hp1203 from Helicobacter pylori 26695, 10 mM [U-100% 2H] Tris-HCl, 300 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMunknown function protein hp1203 from Helicobacter pylori 26695[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMTris-HCl[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloride1
0.01 %sodium azide1
10 mMbenzamidine1
0.5 mMunknown function protein hp1203 from Helicobacter pylori 26695[U-7% 13C; U-99% 15N]2
10 mMTris-HCl[U-100% 2H]2
300 mMsodium chloride2
0.01 %sodium azide2
10 mMbenzamidine2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1300 7 ambient 298 K
2300 7 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
Sparky3.95Goddardpeak picking
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructure2.1.0Huang, Tejero, Powers and Montelione構造検証
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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