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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jj8 | ||||||
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タイトル | Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase | ||||||
要素 | DEOXYNUCLEOSIDE KINASEデオキシヌクレオシドキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS (DNA合成) / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION (酵素阻害剤) / SALVAGE PATHWAY (サルベージ経路) / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP (チミジン三リン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008 タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase. 著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jj8.cif.gz | 165.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jj8.ent.gz | 130.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jj8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jj8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 12 - 208 / Label seq-ID: 12 - 208
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9411, -0.01048, 0.338), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26906.707 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9XZT6, デオキシヌクレオシドキナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-AZZ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 26596 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J90 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.271 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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