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- PDB-2jg1: STRUCTURE OF Staphylococcus aureus D-TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jg1
タイトルSTRUCTURE OF Staphylococcus aureus D-TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE with cofactor and substrate
要素TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / D-TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / CONFORMATIONAL CHANGES / KINASE (キナーゼ) / LACTOSE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphofructokinase activity / tagatose-6-phosphate kinase / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tagatose-6-phosphate kinase / Tagatose/fructose phosphokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Tagatose-6-phosphate kinase / Tagatose/fructose phosphokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 6-O-phosphono-beta-D-tagatofuranose / Tagatose-6-phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miallau, L. / Hunter, W.N. / McSweeney, S.M. / Leonard, G.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structures of Staphylococcus Aureus D-Tagatose-6-Phosphate Kinase Implicate Domain Motions in Specificity and Mechanism.
著者: Miallau, L. / Hunter, W.N. / Mcsweeney, S.M. / Leonard, G.A.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
B: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
C: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
D: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,70714
ポリマ－145,3014
非ポリマー2,40610
水15,763875
1
A: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
D: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7116
ポリマ－72,6502
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-35.82 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
2
B: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
C: TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9968
ポリマ－72,6502
非ポリマー1,3456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-43.82 kcal/mol
Surface area25910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 97.090, 154.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9903, -0.02375, 0.13686), (0.04733, -0.98401, 0.17171), (0.1306, 0.17652, 0.97559)28.38305, 75.51431, -8.45021
2given(0.07907, 0.99274, -0.09069), (-0.99381, 0.07138, -0.08516), (-0.07807, 0.09686, 0.99223)-14.09521, 76.27168, -40.48796

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要素

#1: タンパク質
TAGATOSE-6-PHOSPHATE KINASE / / PHOSPHOTAGATOKINASE


分子量: 36325.184 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0B9, tagatose-6-phosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 糖 ChemComp-TA6 / 6-O-phosphono-beta-D-tagatofuranose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 124 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 125 TO MSE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 124 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 125 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 124 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 125 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 124 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 125 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 124 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 125 TO MSE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 10% PEG 8000, 15% PEG 550, 10 MM ATP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.8 Å / Num. obs: 96948 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARPモデル構築
XSCALEデータスケーリング
XPREP位相決定
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.3.0011精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.131 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 4857 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 92089 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9701 0 145 875 10721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.98213918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7151292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1526.531467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.549151769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0571523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.24453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.26894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2875
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0720.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6631.56562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.047210280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48234084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2674.53622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 333 -
Rwork0.232 6523 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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