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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jev | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human spermine,spermidine acetyltransferase in complex with a bisubstrate analog (N1-acetylspermine-S-CoA). | ||||||
要素 | DIAMINE ACETYLTRANSFERASE 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ACYLTRANSFERASE (アシルトランスフェラーゼ) / ACETYLTRANSFERASE / GCN5 RELATED N-ACETYLTRANSFERASE / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / GNAT / SPERMINE (スペルミン) / SPERMIDINE (スペルミジン) / BISUBSTRATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interconversion of polyamines / spermidine acetylation / spermidine binding / putrescine catabolic process / polyamine biosynthetic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity / 血管新生 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hegde, S.S. / Chandler, J. / Vetting, M.W. / Yu, M. / Blanchard, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Mechanistic and Structural Analysis of Human Spermidine/Spermine N(1)-Acetyltransferase. 著者: Hegde, S.S. / Chandler, J. / Vetting, M.W. / Yu, M. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jev.cif.gz | 86.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jev.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jev | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2f5iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20330.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21673, diamine N-acetyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GSH AT START OF SEQUENCE IS A REMNANT OF THE N-TERMINAL THROMBIN CLEAVED 6XHIS-TAG USED IN PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PROTEIN AT 15MG/ML IN 20 MM TRIS PH 8.0 CONTAINING 1 MM DTT, 0.1 MM EDTA, 4MM N1-ACETYLSPERMINE-S-COA. CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH 3-4 M NACL, 200 MM K/NA TARTRATE, 100 ...詳細: PROTEIN AT 15MG/ML IN 20 MM TRIS PH 8.0 CONTAINING 1 MM DTT, 0.1 MM EDTA, 4MM N1-ACETYLSPERMINE-S-COA. CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH 3-4 M NACL, 200 MM K/NA TARTRATE, 100 MM TRIS-HCL PH 7-8, 50 MM MGCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 194 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→33.5 Å / Num. obs: 17959 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2F5I 解像度: 2.3→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.647 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.95 Å
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拘束条件 |
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