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- PDB-2jcn: The crystal structure of BAK1 - a mitochondrial apoptosis regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jcn
タイトルThe crystal structure of BAK1 - a mitochondrial apoptosis regulator
要素BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / MITOCHONDRIAL OUTER MEMBRANE PERMEABILIZATION / OLIGOMERIZATION (オリゴマー) / CYTOCHROME C RELEASE / MEMBRANE (生体膜) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / mitochondrial fusion / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of proteolysis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / vagina development / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / animal organ regeneration / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to gamma radiation / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moche, M. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. ...Moche, M. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg Schiavone, L. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kosinska, U. / Kotenyova, T. / Lundgren, S. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Upsten, M. / Thorsell, A.G. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Bak1 - an Apoptosis Trigger in the Mitochondrial Outer Membrane
著者: Moche, M. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / ...著者: Moche, M. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg Schiavone, L. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kosinska, U. / Kotenyova, T. / Lundgren, S. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Upsten, M. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
履歴
登録2006年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4212
ポリマ－19,3251
非ポリマー961
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.770, 62.770, 138.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2011-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER / APOPTOSIS REGULATOR BAK / BCL-2-LIKE 7 PROTEIN / BAK1


分子量: 19324.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUE 23-184 GAP AT 50-54 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16611
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細COMPARED TO OUR CLONED AND TEV CLEAVED CONSTRUCT WE MISS 4AA IN THE N-TERMINUS AND 6AA IN THE C- ...COMPARED TO OUR CLONED AND TEV CLEAVED CONSTRUCT WE MISS 4AA IN THE N-TERMINUS AND 6AA IN THE C-TERMINUS. IN ADDITION WE HAVE A GAP BETWEEN RESIDUE 50-54 IN THIS STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 22% PEG3350, 20% GLYCEROL, 0.2M SODIUM SULPHATE, 2MM TCEP, 0.3M NACL, 20 MM HEPES PH7.5, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 313450 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.17 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.156 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS A CYSTEINE S-S BRIDGE BETWEEN CYS166 AND CYS166 FROM A SYMMETRY MOLECULE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 785 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 14832 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1264 0 5 89 1358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9241789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91532687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.425159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47823.47272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56315209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1171511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.21154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3420.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.57921018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85831257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5544629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4125531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.236 73
Rwork0.183 1064
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5561.49650.202410.9955-1.31354.1806-0.10090.18390.0640.16730.2852-0.20580.13070.0489-0.1843-0.00560.01-0.00380.1187-0.01590.048435.52727.383-5.122
27.62067.1317-2.790510.7749-2.97632.9892-0.75590.99910.7434-1.15640.92580.85750.0115-0.4129-0.16990.0743-0.1027-0.03390.14970.13020.14437.35839.58-10.499
36.2799-7.2561-3.823621.22396.07188.36410.1930.2660.2127-0.3532-0.31070.5335-0.4685-0.93150.1177-0.01460.0203-0.04130.17860.00590.068527.70730.176-10.11
419.11120.32464.17165.152.333610.23830.38940.02870.9808-0.069-0.30360.5214-0.7939-0.9192-0.0858-0.00450.03650.12520.0284-0.03190.094930.95742.5037.286
54.0111.6568-1.09281.9382-0.73643.42580.2376-0.33690.24320.1065-0.09920.0836-0.15770.1368-0.1383-0.0217-0.01380.03020.0758-0.03070.067836.51433.8295.826
63.32330.06920.67982.1752-1.53388.1485-0.14620.1692-0.0508-0.07170.03380.04730.2264-0.18260.11240.0323-0.0439-0.00330.07710.00590.071527.7820.7470.703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5A104 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6A162 - 184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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