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万見
- PDB-2j5c: Rational conversion of substrate and product specificity in a mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5c
タイトルRational conversion of substrate and product specificity in a monoterpene synthase. Structural insights into the molecular basis of rapid evolution.
要素1,8-CINEOLE SYNTHASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / TERPENE SYNTHASES / 1 / 8-CINEOLE / MONOTERPENE (モノテルペン)
機能・相同性
機能・相同性情報


terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Cineole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種SALVIA FRUTICOSA (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kampranis, S.C. / Ioannidis, D. / Purvis, A. / Mahrez, W. / Ninga, E. / Katerelos, N.A. / Anssour, S. / Dunwell, J.M. / Makris, A.M. / Goodenough, P.W. / Johnson, C.B.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2007
タイトル: Rational Conversion of Substrate and Product Specificity in a Salvia Monoterpene Synthase: Structural Insights Into the Evolution of Terpene Synthase Function.
著者: Kampranis, S.C. / Ioannidis, D. / Purvis, A. / Mahrez, W. / Ninga, E. / Katerelos, N.A. / Anssour, S. / Dunwell, J.M. / Degenhardt, J. / Makris, A.M. / Goodenough, P.W. / Johnson, C.B.
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,8-CINEOLE SYNTHASE
B: 1,8-CINEOLE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,8416
ポリマ－134,5292
非ポリマー3134
水8,269459
1
A: 1,8-CINEOLE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4213
ポリマ－67,2641
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 1,8-CINEOLE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4213
ポリマ－67,2641
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.550, 171.150, 123.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2141-

HOH

21B-2157-

HOH

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要素

#1: タンパク質 1,8-CINEOLE SYNTHASE /


分子量: 67264.312 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 58-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SALVIA FRUTICOSA (植物) / 株: M. SKOULA 824 (TUCCG)
解説: WILD SOURCE FOUND IN NIO CHORIO, CHANIA, CRETE, GREECE
プラスミド: PRSET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A6XH05*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1,8-CINEOLE SYNTHASE SEQUENCE STARTS AT ARG58 WHICH IS PRECEDED BY A 35 RESIDUE N-TERMINAL LEADING ...1,8-CINEOLE SYNTHASE SEQUENCE STARTS AT ARG58 WHICH IS PRECEDED BY A 35 RESIDUE N-TERMINAL LEADING SEQUENCE WHICH CONTAINS A HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION USING 100MM TRIS PH 8.0, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 1.0M SODIUM FORMATE, 10% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.38
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 354544 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N1B

1n1b


解像度: 1.95→29.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2844174.15 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CIS-PEPTIDE PRESENT IN BOTH MOLECULES AT TYROSINE 474. DISORDERED REGIONS IN MOLECULE A (N -TERMINUS-83, 224-227, 306-307, 494-503, 511-516, 573) AND MOLECULE B (N-TERMINUS-86, 226-227, 493- ...詳細: CIS-PEPTIDE PRESENT IN BOTH MOLECULES AT TYROSINE 474. DISORDERED REGIONS IN MOLECULE A (N -TERMINUS-83, 224-227, 306-307, 494-503, 511-516, 573) AND MOLECULE B (N-TERMINUS-86, 226-227, 493-502, 572-573) WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE. DISORDERED SIDE CHAINS OF UNDETERMINED ORIENTATION WERE REMOVED FROM THE STRUCTURE (127 ATOMS IN TOTAL).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4786 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 95726 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2915 Å2 / ksol: 0.348814 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.01 Å20 Å20 Å2
2---1.76 Å20 Å2
3----9.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7993 0 16 459 8468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 775 4.9 %
Rwork0.269 14907 -
obs--98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PRODRG_BME_MODIFIED.PARPRODRG_BME_MODIFIED.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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