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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iyp | ||||||
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タイトル | product rup | ||||||
要素 | 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATINGホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE (ホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / PENTOSE SHUNT (ペントースリン酸経路) / GLUCONATE UTILIZATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organic acid catabolic process / D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Sundaramoorthy, R. / Iulek, J. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2007 タイトル: Crystal Structures of a Bacterial 6-Phosphogluconate Dehydrogenase Reveal Aspects of Specificity, Mechanism and Mode of Inhibition by Analogues of High-Energy Reaction Intermediates. 著者: Sundaramoorthy, R. / Iulek, J. / Barrett, M.P. / Bidet, O. / Ruda, G.F. / Gilbert, I.H. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iyp.cif.gz | 288.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iyp.ent.gz | 233 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iyp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/2iyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/2iyp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52639.359 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / 株: MG1363 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P96789, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAP / | #3: 糖 | ChemComp-5RP / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 % 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE OSCILLATION PHOTOGRAPH |
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 300MM AMMONIUM ACETATE, pH 7.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 39483 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 81.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 14.954 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→29.81 Å
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拘束条件 |
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