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- PDB-2ipg: Crystal structure of 17alpha-hydroxysteroid dehydrogenase mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ipg
タイトルCrystal structure of 17alpha-hydroxysteroid dehydrogenase mutant K31A in complex with NADP+ and epi-testosterone
要素3(17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 17a-HSD / AKR1C21 / AKR / aldo-keto reductase / HSD / hydroxysteroid dehydrogenase / open conformation / epi-testosterone
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-ketosteroid reductase activity / chlordecone reductase activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / steroid dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity ...17-beta-ketosteroid reductase activity / chlordecone reductase activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / steroid dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase activity / ketosteroid monooxygenase activity / carboxylic acid binding / aldo-keto reductase (NADPH) activity / lithocholic acid binding / steroid biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / NADP+ binding / steroid metabolic process / NADPH binding / steroid binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Chem-FFA / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C21
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Faucher, F. / Cantin, L. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Lemieux, M. / Luu-the, V. / Labrie, F. / Breton, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (AKR1C21) Binds Steroids Differently from other Aldo-keto Reductases: Identification and Characterization of Amino Acid Residues Critical for Substrate Binding.
著者: Faucher, F. / Cantin, L. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Lemieux, M. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月16日Group: Other
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3(17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
B: 3(17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,37213
ポリマ－72,8102
非ポリマー2,56211
水8,665481
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.030, 53.340, 85.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.8677, -0.4846, 0.1106), (-0.484, -0.8744, -0.0342), (0.1132, -0.0239, -0.9933)-9.9137, -12.6378, 106.0711

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3(17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 36404.930 Da / 分子数: 2 / 変異: K31A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Akr1c21 / プラスミド: pGEX1lT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys
参照: UniProt: Q91WR5, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 492分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 変異: K31A / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FFA / (10ALPHA,13ALPHA,14BETA,17ALPHA)-17-HYDROXYANDROST-4-EN-3-ONE / EPI-TESTOSTERONE / エピテストステロン / Epitestosterone


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2
コメント: 阻害剤, アンタゴニスト, ホルモン*YM
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG-4000 24%, 0.1M MES, O.1M Li2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
2
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2006年8月6日mirrors
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.56 Å / Num. all: 45224 / Num. obs: 43065 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 7.12
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IPF

2ipf


解像度: 1.9→19.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1754729.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2514 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 49676 94.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.1045 Å2 / ksol: 0.337572 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.27 Å20 Å22.92 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3----2.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 166 481 5761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.492.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 364 4.6 %
Rwork0.198 7568 -
obs--91.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ligands_.paramligands_.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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