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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iaj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of K103N/Y181C Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with ATP | ||||||
要素 | (Reverse transcriptase/ribonuclease ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / RT / NNRTI (逆転写酵素阻害剤) / NONNUCLEOSIDE INHIBITOR / DRUG RESISTANCE (薬剤耐性) / DNA POLYMERIZATION / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / DRUG DESIGN (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Das, K. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal Structures of Clinically Relevant Lys103Asn/Tyr181Cys Double Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complexes with ATP and Non-nucleoside Inhibitor HBY 097. 著者: Das, K. / Sarafianos, S.G. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / D Clark, A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO complexed with wild-type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT drug-resistant mutant. 著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark, A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith, R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark, A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith, R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structures of Tyr188Leu mutant and wild-type HIV-1 reverse transcriptase complexed with the non-nucleoside inhibitor HBY 097: inhibitor flexibility is a useful design feature for reducing drug resistance. 著者: Hsiou, Y. / Das, K. / Ding, J. / Clark, A.D. / Kleim, J.P. / Winkler, I. / Riess, G. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The Lys103Asn mutation of HIV-1 RT: a novel mechanism of drug resistance. 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Lewi, P. / Janssen, P.A. / Kleim, J.P. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Roles of conformational and positional adaptability in structure-based design of TMC125-R165335 (etravirine) and related non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors that are highly ...タイトル: Roles of conformational and positional adaptability in structure-based design of TMC125-R165335 (etravirine) and related non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors that are highly potent and effective against wild-type and drug-resistant HIV-1 variants. 著者: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. ...著者: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M.A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iaj.cif.gz | 219.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iaj.ent.gz | 172.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iaj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iaj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | p66/p51 hetero dimer |
-要素
-Reverse transcriptase/ribonuclease ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64425.855 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 / 変異: K103N, Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1Subtypes of HIV / 株: BH10 ISOLATE / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51970.562 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 / 変異: K103N, Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1Subtypes of HIV / 株: BH10 ISOLATE / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
-非ポリマー , 5種, 315分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-ATP / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 8000, Bis_Tris propane, ammonium sulfate, glycerol, MnCL2, ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月12日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 48538 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Num. unique all: 1809 / Χ2: 1.219 / % possible all: 68.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DLO 解像度: 2.5→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 789848.625 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.368 Å2 / ksol: 0.283 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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