+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i3t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Bub3 complex with Mad3 (BubR1) GLEBS motif | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CELL CYCLE / WD40 protein / beta propeller / mitotic spindle checkpoint | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / kinetochore => GO:0000776 / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / distributive segregation / mitotic checkpoint complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / positive regulation of protein autoubiquitination / mitotic spindle assembly checkpoint signaling ...: / bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / kinetochore => GO:0000776 / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / distributive segregation / mitotic checkpoint complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / positive regulation of protein autoubiquitination / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / ubiquitin binding / kinetochore / protein kinase activity / cell division / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Larsen, N.A. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Structural analysis of Bub3 interactions in the mitotic spindle checkpoint. 著者: Larsen, N.A. / Al-Bassam, J. / Wei, R.R. / Harrison, S.C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the spindle assembly checkpoint protein Bub3. 著者: Larsen, N.A. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i3t.cif.gz | 292.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2i3t.ent.gz | 239.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i3t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2i3t_validation.pdf.gz | 498 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2i3t_full_validation.pdf.gz | 560.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2i3t_validation.xml.gz | 57 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2i3t_validation.cif.gz | 76.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i3t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a single heterodimer composed of Bub3 and the Mad3 GLEBS peptide. There are 4 heterodimers in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38483.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BUB3, YOR026W, OR26.16 / プラスミド: pET-Duet (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26449 #2: タンパク質 | 分子量: 6576.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MAD3, YJL013C, J1341 / プラスミド: pET-Duet (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47074 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17% PEG 4K 10% isopropanol 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1807 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1807 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 40970 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 76.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1U4C 解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|