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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h9s | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Homo-DNA and Nature's Choice of Pentose over Hexose in the Genetic System | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Homo-DNA / Homo-DNA crystal structure / 2' / 3'-Di-deoxy-beta- D-glucopyranose / Hexose nucleic acid / Glucopyranosyl nucleic acid / Dideoxyglucopyranose Octamer | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | データ登録者 | Egli, M. / Pallan, P.S. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006 | タイトル: Crystal structure of homo-DNA and nature's choice of pentose over hexose in the genetic system. 著者: Egli, M. / Pallan, P.S. / Pattanayek, R. / Wilds, C.J. / Lubini, P. / Minasov, G. / Dobler, M. / Leumann, C.J. / Eschenmoser, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h9s.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h9s.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h9s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/2h9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/2h9s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2538.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5 mM homo-DNA, 8 mM Sodium Cacodylate (pH 7.0), 6 mM Magnesium Chloride, 12% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月6日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) cryogenically cooled monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 6688 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 638 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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