PDB-2vqh: Crystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vqh

タイトル

Crystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crystal form II)

要素

PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / ION TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Ziegler, K. / Benz, R. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: A Putative Alpha-Helical Porin from Corynebacterium Glutamicum.
著者: Ziegler, K. / Benz, R. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2008年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月2日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vqh.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vqh.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vqh_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vqh_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	2vqh_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	2vqh_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vqgC 2vqkC 2vqlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vql-1 2vql-3 3zzo-d 4lw9-6 3qor-5 2vql-2 4lw9-3 1v9v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972

B: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.457, 81.457, 163.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972 / PORB / ANION-SPECIFIC PORIN / ANION-SPECIFIC PORIN PRECURSOR 分子量: 10643.550 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 28-126 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NRS3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.68 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / タイプ: SLS / 波長: 1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→70.53 Å / Num. obs: 7663 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 20.3 % / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	冗長度: 21.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / R_sym value: 0.48 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.89→70.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 21.338 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.482 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	498	6.5 %	RANDOM
R_work	0.247	-	-	-
obs	0.247	7163	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	-0.08 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→70.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1114	0	23	0	1137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.945	1.938	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.856	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.314	26.14	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.066	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.138	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	1.5	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.792	2	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.991	3	484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.641	4.5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.89→2.96 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.277	36
R_work	0.266	519

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7507	4.6252	-1.105	6.0455	-0.4627	8.9996	0.0061	-0.426	-0.0389	-0.018	-0.0407	0.2443	0.2367	-0.0074	0.0347	-0.5802	0.0211	-0.0309	-0.3726	0.0297	-0.589	-31.138	26.839	5.113
2	9.3763	-7.3907	0.2316	11.9394	0.4501	6.2487	0.0921	0.0743	0.2017	-0.0439	0.0016	-0.1937	0.1947	-0.0552	-0.0937	-0.6059	-0.031	-0.0233	-0.4333	-0.0186	-0.4983	-49.116	26.376	-4.15

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 88

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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