[日本語] English
万見
- PDB-2h9n: WDR5 in complex with monomethylated H3K4 peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h9n
タイトルWDR5 in complex with monomethylated H3K4 peptide
要素
  • H3 histoneヒストンH3
  • WD-repeat protein 5WD40リピート
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / gene regulation (遺伝子発現の調節) / wdr5 / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / : / PRC2 methylates histones and DNA / Condensation of Prophase Chromosomes / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / : / NoRC negatively regulates rRNA expression / : / Transcriptional regulation by small RNAs ...Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / : / PRC2 methylates histones and DNA / Condensation of Prophase Chromosomes / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / : / NoRC negatively regulates rRNA expression / : / Transcriptional regulation by small RNAs / : / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Estrogen-dependent gene expression / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / : / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / 糖新生 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Min, J.R. / Schuetz, A. / Allali-Hassani, A. / Martin, F. / Loppnau, P. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Min, J.R. / Schuetz, A. / Allali-Hassani, A. / Martin, F. / Loppnau, P. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for molecular recognition and presentation of histone H3 By WDR5.
著者: Schuetz, A. / Allali-Hassani, A. / Loppnau, P. / Vedadi, M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Arrowsmith, C.H. / Min, J.
履歴
登録2006年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: WD-repeat protein 5
B: H3 histone
C: WD-repeat protein 5
D: H3 histone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2834
ポリマ－71,2834
非ポリマー00
水4,756264
1
A: WD-repeat protein 5
B: H3 histone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6412
ポリマ－35,6412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
2
C: WD-repeat protein 5
D: H3 histone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6412
ポリマ－35,6412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.736, 56.943, 64.795
Angle α, β, γ (deg.)71.15, 89.31, 66.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 WD-repeat protein 5 / WD40リピート / BMP2-induced 3-kb gene protein / WDR5


分子量: 34376.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド H3 histone / ヒストンH3


分子量: 1264.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Xenopus tropicalis (Western clawed frog).
参照: UniProt: Q6P823
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月10日
放射モノクロメーター: varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60.75 Å / Num. all: 36592 / Num. obs: 36592 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→60.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 6.344 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27944 1819 5 %RANDOM
Rwork0.21965 ---
all0.22271 34768 --
obs0.22271 34768 93.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å2-0.68 Å21 Å2
2--1.24 Å2-1.26 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→60.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4758 0 0 264 5022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9386609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2815616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67225.08187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59115821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.446158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.23262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0510.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.53147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04224946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53132009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2184.51663
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 101 -
Rwork0.261 2184 -
obs--78.96 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る