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- PDB-2gp1: Bacteriophage HK97 Prohead II crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gp1
タイトルBacteriophage HK97 Prohead II crystal structure
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral Virus
機能・相同性Phage capsid / Phage capsid family / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / カプシド / identical protein binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Gertsman, I. / Gan, L. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Flexibility of Bacteriophage HK97 Pre-expanded State Prohead II
著者: Gertsman, I. / Gan, L. / Wikoff, W. / Guttman, M. / Duda, R.L. / Hendrix, R.W. / Komives, E.A. / Johnson, J.E.
履歴
登録2006年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,3597
ポリマ－215,3597
非ポリマー00
水0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,921,540420
ポリマ－12,921,540420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.08 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,076,79535
ポリマ－1,076,79535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.29 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,292,15442
ポリマ－1,292,15442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.31 MDa, 140 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,307,180140
ポリマ－4,307,180140
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)706.940, 706.940, 706.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.34073714, -0.87698289, 0.33882051), (0.93847651, 0.33882034, -0.06680236), (-0.05621475, 0.34073696, 0.93847651)213.9051, -37.60222, -39.83594
3generate(-0.72597275, -0.48051161, 0.49200835), (0.64150401, -0.73099065, 0.23264864), (0.24786297, 0.48452163, 0.83892942)306.26978, 153.06343, -102.05813
4generate(-0.72597286, 0.641504, 0.24786314), (-0.4805116, -0.73099054, 0.48452191), (0.49200807, 0.23264847, 0.83892942)149.44919, 308.5035, -100.67761
5generate(0.34073696, 0.93847651, -0.05621475), (-0.87698289, 0.33882051, 0.34073714), (0.33882034, -0.06680236, 0.93847651)-39.83594, 213.9051, -37.60222
6generate(-0.63291429, -0.24476197, 0.73451426), (-0.2447618, -0.83680003, -0.48975219), (0.73451416, -0.48975247, 0.46971432)204.21165, 459.33321, 51.0053
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10generate(0.24786314, -0.72597286, 0.641504), (0.48452191, -0.4805116, -0.73099054), (0.83892942, 0.49200807, 0.23264847)149.44919, 308.5035, -100.67761
11generate(-0.83680003, -0.48975219, -0.2447618), (-0.48975247, 0.46971432, 0.73451416), (-0.24476197, 0.73451426, -0.63291429)459.33321, 51.0053, 204.21165
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13generate(0.23264864, 0.64150401, -0.73099065), (0.83892942, 0.24786297, 0.48452163), (0.49200835, -0.72597275, -0.48051161)153.06343, -102.05813, 306.26978
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16generate(0.46971432, 0.73451416, -0.48975247), (0.73451426, -0.63291429, -0.24476197), (-0.48975219, -0.2447618, -0.83680003)51.0053, 204.21165, 459.33321
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18generate(0.00880248, -0.99992182, -0.00888067), (-0.99992182, -0.00888067, 0.00880248), (-0.00888067, 0.00880248, -0.99992182)357.27508, 357.27508, 357.27508
19generate(-0.93490459, -0.34953945, 0.06144531), (-0.34953962, 0.8769047, -0.32993985), (0.06144531, -0.32993967, -0.94200013)397.11102, 143.36998, 394.8773
20generate(-0.65004541, 0.72240093, -0.23574981), (0.72240082, 0.49123071, -0.4866513), (-0.23574964, -0.48665102, -0.8411853)207.82589, 48.77158, 457.95269

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / Gp5 / Head protein


分子量: 30765.572 Da / 分子数: 7 / 変異: W336F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: 5 / プラスミド: pT7-Hd2.9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P49861

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes, 0.2M CaCl2, 2-3% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.2→30 Å / Num. obs: 373697 / % possible obs: 83.9 % / Observed criterion σ(F): -1.5 / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 5.2→5.32 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 30.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVEモデル構築
CNS1.1精密化
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IF0

1if0


解像度: 5.2→30 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.41 -
all0.41 -
obs0.41 354912
原子変位パラメータBiso mean: 112 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13797 0 0 0 13797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008744
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34583

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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