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- PDB-2gmh: Structure of Porcine Electron Transfer Flavoprotein-Ubiquinone Ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gmh
タイトルStructure of Porcine Electron Transfer Flavoprotein-Ubiquinone Oxidoreductase in Complexed with Ubiquinone
要素Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Electron-Transfer (電子移動反応) / Flavoprotein (フラボタンパク質) / Ubiquinone (ユビキノン)
機能・相同性
機能・相同性情報


電子伝達フラビンタンパク質デヒドロゲナーゼ / electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster binding / 電子伝達系 / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / electron transfer activity ...電子伝達フラビンタンパク質デヒドロゲナーゼ / electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster binding / 電子伝達系 / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / electron transfer activity / oxidoreductase activity / ミトコンドリア / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 - #90 / : / Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase / : / ETF-QO, ubiquinone-binding / Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase, 4Fe-4S / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 - #90 / : / Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase / : / ETF-QO, ubiquinone-binding / Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase, 4Fe-4S / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
hexyl beta-D-galactopyranoside / フラビンアデニンジヌクレオチド / 鉄・硫黄クラスター / Chem-UQ5 / Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, J. / Frerman, F.E. / Kim, J.-J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase and electron transfer to the mitochondrial ubiquinone pool.
著者: Zhang, J. / Frerman, F.E. / Kim, J.J.
履歴
登録2006年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase
B: Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,61022
ポリマ－129,8532
非ポリマー4,75720
水6,648369
1
A: Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,69716
ポリマ－64,9271
非ポリマー2,77015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9136
ポリマ－64,9271
非ポリマー1,9865
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.322, 154.322, 128.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase / ETF-QO / ETF-ubiquinone oxidoreductase / ETF dehydrogenase / Electron-transferring- flavoprotein ...ETF-QO / ETF-ubiquinone oxidoreductase / ETF dehydrogenase / Electron-transferring- flavoprotein dehydrogenase / Fragment


分子量: 64926.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: P55931, 電子伝達フラビンタンパク質デヒドロゲナーゼ
#2: 糖 ChemComp-BHG / hexyl beta-D-galactopyranoside / 2-HEXYLOXY-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / hexyl beta-D-galactoside / hexyl D-galactoside / hexyl galactoside / ヘキシルβ-D-ガラクトピラノシド / Alkyl


タイプ: D-saccharide / 分子量: 264.315 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6

-
非ポリマー , 6種, 386分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-UQ5 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5


分子量: 522.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEGMME 2000, Sodium Chloride, Ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1.0, 1.7389, 1.7426, 1.6000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月21日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.73891
31.74261
41.61
反射解像度: 2.5→29.67 Å / Num. obs: 53508 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 2590 / Rsym value: 0.649 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 297102.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 4358 8.1 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 53508 98.7 %-
all-53508 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.225 Å2 / ksol: 0.303289 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å20 Å2
2---4.14 Å20 Å2
3---8.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-29.67 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9089 0 293 369 9751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 428 8.3 %
Rwork0.368 4698 -
obs-4699 96.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4prosth2.parprosth2.top
X-RAY DIFFRACTION5u10.paru10.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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