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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gcd | ||||||
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タイトル | TAO2 kinase domain-staurosporine structure | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase TAO2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / TAO2 / MAP3K (MAPキナーゼキナーゼキナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / staurosporine (スタウロスポリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 basal dendrite morphogenesis / basal dendrite arborization / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuropilin binding / focal adhesion assembly / regulation of postsynapse organization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / dendritic growth cone ...basal dendrite morphogenesis / basal dendrite arborization / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuropilin binding / focal adhesion assembly / regulation of postsynapse organization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / dendritic growth cone / regulation of MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / stress-activated MAPK cascade / axonal growth cone / 軸索誘導 / neuron projection morphogenesis / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / cytoplasmic vesicle membrane / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / neuron projection / 神経繊維 / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / DNA damage response / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, T. / Sun, L. / Gao, Y. / Earnest, S. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sinica / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of the MAP3K TAO2 kinase domain bound by an inhibitor staurosporine. 著者: Zhou, T.J. / Sun, L.G. / Gao, Y. / Goldsmith, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gcd.cif.gz | 140.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gcd.ent.gz | 115.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gcd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35436.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: tao2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9JLS3, EC: 2.7.1.37 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→25 Å / Num. obs: 31295 / % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→160.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 9.572 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→160.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.548→2.615 Å / Total num. of bins used: 20
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