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- PDB-2g0c: Structure of the RNA binding domain (residues 404-479) of the Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g0c
タイトルStructure of the RNA binding domain (residues 404-479) of the Bacillus subtilis YxiN protein
要素ATP-dependent RNA helicase dbpA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RNA recognition motif (RNA認識モチーフ)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA strand annealing activity / 3'-5' RNA helicase activity / response to cold / リボソーム生合成 / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain ...ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DbpA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者McKay, D.B.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2006
タイトル: The domain of the Bacillus subtilis DEAD-box helicase YxiN that is responsible for specific binding of 23S rRNA has an RNA recognition motif fold.
著者: Wang, S. / Hu, Y. / Overgaard, M.T. / Karginov, F.V. / Uhlenbeck, O.C. / McKay, D.B.
履歴
登録2006年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase dbpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4843
ポリマ－8,2921
非ポリマー1922
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: ATP-dependent RNA helicase dbpA
ヘテロ分子

A: ATP-dependent RNA helicase dbpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9686
ポリマ－16,5842
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area1240 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.010, 51.010, 64.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1006-

HOH

21A-1008-

HOH

31A-1025-

HOH

41A-1026-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase dbpA


分子量: 8291.884 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: dbpA, deaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42305, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: precipitant of 3.2-3.6 M (NH4)2SO4 buffered with 0.1 M glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97858, 0.97910, 0.94643
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月8日 / 詳細: wiggler
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978581
20.97911
30.946431
Reflection

D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
6.5121.7616200.0512.33944296.9
6.9220.9652490.0421.74951697.2
6.9318.5655140.0461.71953997.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.665091884.310.0393.0865.3
2.913.669529510.0392.9626
2.542.919469710.0483.1556.1
2.312.5495598.610.0613.1466.4
2.142.3194698.610.0742.8496.6
2.022.149589910.0892.4416.9
1.912.0295299.410.1251.9757
1.831.9193799.710.1851.5627
1.761.8393899.510.2851.4357
1.71.7694099.810.4131.2437
3.665093785.620.0322.4926
2.913.6696295.620.0322.3546.7
2.542.9195997.320.0432.4226.9
2.312.5495798.720.0512.17
2.142.3194898.920.0621.8327
2.022.1496099.320.0771.5297
1.912.0296399.420.121.3197
1.831.9193799.720.2041.2267
1.761.8395399.520.3251.1477
1.71.7694099.920.4981.1357
3.665095386.830.0332.5146
2.913.6697096.430.0342.3976.7
2.542.9196397.530.0472.4376.9
2.312.5496098.630.0592.0547
2.142.3194598.630.0761.7537
2.022.1495899.130.0981.4237.1
1.912.0296899.230.1611.2747
1.831.9193899.730.2851.1817
1.761.8394699.430.4551.1067
1.71.7693899.730.731.1347
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 9484 / Num. obs: 9790 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rsym value: 0.026 / Χ2: 0.825 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 941 / Num. unique obs: 941 / Rsym value: 0.323 / Χ2: 0.659 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化開始モデル: de novo

解像度: 1.7→50 Å / FOM work R set: 0.795 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 579 6.1 %Random
Rwork0.253 ---
all0.253 9484 --
obs0.253 9484 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数511 0 10 48 569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.06
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.7-1.750.383480.333728776
1.75-1.820.308570.297740797
1.82-1.890.348440.28770814
1.89-1.980.348550.264789844
1.98-2.080.301550.247796851
2.08-2.210.285480.255826874
2.21-2.380.288600.243817877
2.38-2.620.249370.229850887
2.62-30.314620.263838900
3-3.780.229550.234851906
3.78-500.264580.26900958

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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