PDB-2fy8: Crystal structure of MthK rck domain in its ligand-free gating-ri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fy8

タイトル

Crystal structure of MthK rck domain in its ligand-free gating-ring form

要素

Calcium-gated potassium channel mthK

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Transport /

Ionic channel (イオンチャネル) / Alternative initiation /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質) /

Ion transport /

Potassium (カリウム) / Potassium transport /

Membrane (生体膜) / gating ring / closed conformation / partially open conformation /

transition state (遷移状態)

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Ye, S. / Jiang, Y.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of a Ligand-free MthK Gating Ring: Insights into the Ligand Gating Mechanism of K(+) Channels.
著者: Ye, S. / Li, Y. / Chen, L. / Jiang, Y.

履歴

登録	2006年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fy8.cif.gz	340.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fy8.ent.gz	281.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/2fy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/2fy8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1lnqS 2aef 2aej 2aem S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ro0-4 4ro0-1 4ro0-3 4ro0-5 4ro0-2 6o7a-d 8 4g1b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (10) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Calcium-gated potassium channel mthK

B: Calcium-gated potassium channel mthK

C: Calcium-gated potassium channel mthK

D: Calcium-gated potassium channel mthK

E: Calcium-gated potassium channel mthK

F: Calcium-gated potassium channel mthK

G: Calcium-gated potassium channel mthK

H: Calcium-gated potassium channel mthK

204 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Calcium-gated potassium channel mthK

B: Calcium-gated potassium channel mthK

C: Calcium-gated potassium channel mthK

D: Calcium-gated potassium channel mthK

A: Calcium-gated potassium channel mthK

B: Calcium-gated potassium channel mthK

C: Calcium-gated potassium channel mthK

D: Calcium-gated potassium channel mthK

登録者が定義した集合体
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2

E: Calcium-gated potassium channel mthK

F: Calcium-gated potassium channel mthK

G: Calcium-gated potassium channel mthK

H: Calcium-gated potassium channel mthK

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F: Calcium-gated potassium channel mthK

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H: Calcium-gated potassium channel mthK

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	174.141, 180.965, 252.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

The biological assembly is an octamer. There are two tetramers in an asymmetric unit. The first octamer can be generated from the first tetramer (polypeptide chain A, B, C and D) by the operation: ROTATION MATRIX -1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.000 TRANSLATION VECTOR 0.00000 0.00000 126.374 The first octamer has the 422 symmetry, representing the closed conformation of mthK gating ring. The second octamer can be generated from the second tetramer (polypeptide chain E, F, G and H) by the operation: ROTATION MATRIX -1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.000 TRANSLATION VECTOR 0.00000 0.00000 126.374 The second octamer is an asymmetric, parcially open mthK gating ring, which might represent a gating ring conformation in transition state.

#1: タンパク質	Calcium-gated potassium channel mthK 分子量: 25447.000 Da / 分子数: 8 / 断片: soluble isoform, residues 107-336 / 変異: D184N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mthK / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: O27564
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Calcium-gated potassium channel mthK

分子量: 25447.000 Da / 分子数: 8 / 断片: soluble isoform, residues 107-336 / 変異: D184N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: mthK / プラスミド: pQE70 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: O27564

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.6 M Na/K PO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 95903 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 7334 / R_sym value: 0.824 / % possible all: 75.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
XTALVIEW		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNQ (MONOMER)

1lnq

解像度: 2.79→47.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 24.095 / SU ML: 0.216 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25408	1923	2 %	RANDOM
R_work	0.21201	-	-	-
obs	0.21286	93976	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.098 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→47.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13799	0	0	52	13851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	13967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.977	18854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.29	5	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.688	23.494	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.19	15	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.446	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	5906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	9479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.514	1.5	8997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.899	2	14238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.298	3	5395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.275	4.5	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.794→2.866 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	111	-
R_work	0.342	4968	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9433	-0.7998	-0.7228	3.5548	-0.559	2.5758	0.0982	-0.077	-0.0925	-0.0884	-0.0886	0.0232	0.4533	-0.3288	-0.0096	-0.0327	-0.1734	-0.0051	-0.042	-0.0041	-0.1195	-24.1934	29.6923	58.2617
2	4.5002	-3.5106	-3.7487	14.7582	17.3387	24.0792	0.559	-0.4922	0.3753	-0.5861	-0.0748	-0.2024	-0.65	-0.324	-0.4842	-0.2014	-0.156	0.0885	0.1462	-0.0391	-0.0491	-30.7941	49.9212	72.7497
3	9.4505	4.4444	-0.1981	9.1609	2.5534	2.5381	0.4877	-1.0359	0.0969	0.4205	-0.3196	0.1164	0.1535	-0.2477	-0.1681	-0.2356	-0.2135	0.0348	0.3609	0.0627	-0.104	-36.8511	41.701	80.3986
4	6.9289	0.6509	0.8001	4.2636	-0.5915	6.5705	-0.0712	0.3766	-0.3036	0.0617	-0.0015	0.0949	0.149	-0.3217	0.0727	-0.3119	-0.2335	0.0307	0.1439	-0.0291	-0.0814	-53.3883	31.1533	71.1923
5	1.9083	0.8453	-0.2886	2.5272	0.3611	2.4549	0.1336	0.1538	0.2471	-0.0323	-0.0375	0.0713	-0.0414	-0.0942	-0.0961	-0.1082	0.0494	0.0219	-0.027	0.061	-0.08	-15.2587	52.4551	43.4982
6	16.4815	-18.028	-7.1882	22.9058	5.7251	5.7115	0.2729	0.9302	-0.2367	-0.0618	-0.0207	0.1648	0.6089	-0.0239	-0.2522	-0.0083	0.1209	-0.0532	0.0428	-0.0568	-0.198	-5.4548	32.2499	30.8477
7	4.91	-3.4192	2.9239	14.7975	2.5433	5.9719	0.0658	0.1142	0.0216	-0.2663	0.3589	-0.2944	0.14	0.1125	-0.4247	-0.0027	0.0499	-0.0086	0.1519	0.0738	-0.2575	-1.2814	40.7735	22.3651
8	5.5566	0.5085	-0.1742	3.1809	-0.6121	7.7185	0.3534	0.4456	0.3541	0.131	-0.0296	0.1447	-0.4747	-0.7919	-0.3238	0.0349	0.1632	0.0336	0.0768	0.1029	-0.2746	-17.055	51.6514	11.8304
9	2.1524	0.1948	0.4078	2.3389	-0.6895	1.8686	0.1185	0.2167	-0.1753	-0.1075	-0.0555	0.044	0.3331	0.1573	-0.063	0.0307	0.1291	-0.0024	-0.0545	-0.0568	-0.144	4.8938	29.5992	38.6594
10	22.9495	-14.9311	-0.5682	12.9784	-1.9397	1.648	-0.349	0.6003	0.689	0.1985	0.0896	-0.4966	-0.1541	-0.2321	0.2593	-0.0958	0.0353	-0.0256	0.0429	0.0357	-0.1329	-9.639	49.7397	31.9304
11	4.0371	-2.5237	2.0913	11.2595	-5.378	10.1028	-0.2608	-0.092	-0.1095	-0.052	0.3967	0.2261	-0.0251	0.1378	-0.1359	-0.0426	-0.0339	0.011	0.1942	0.0329	-0.267	-17.0853	41.3795	26.0012
12	7.7082	3.8213	-2.5634	5.0989	0.3686	10.1025	0.0285	0.2859	-0.7347	-0.1433	0.0087	-0.2787	1.0395	0.3776	-0.0372	0.1659	0.0826	-0.0763	-0.0725	-0.0314	-0.2756	-7.6912	30.8824	9.2873
13	2.0441	-0.1407	0.9343	2.6815	0.3183	1.8311	-0.0118	0.1366	0.2901	-0.0252	-0.0775	-0.0393	0.0914	0.1977	0.0893	-0.1496	0.0925	0.0703	0.0192	0.051	-0.0659	19.3541	52.4485	47.837
14	3.531	-6.719	4.9816	25.4799	-14.5884	15.1736	0.369	0.1809	-0.444	-0.456	-0.4847	0.2582	0.6662	0.8907	0.1156	-0.142	0.2467	0.0239	0.0953	-0.0324	-0.1374	31.9457	32.359	57.7152
15	7.0025	-1.6046	-0.4396	22.4051	-0.7498	3.3225	-0.4269	-0.4716	-0.1116	0.2518	0.7703	-0.55	-0.1718	0.3663	-0.3435	-0.2572	0.1411	0.0954	0.3066	-0.0122	-0.1076	40.4775	40.8988	62.0068
16	4.642	-0.068	-4.1747	8.0926	2.3095	10.6041	0.2712	0.225	0.6112	-0.4798	-0.0338	0.3013	-0.7441	0.0449	-0.2374	-0.3133	0.1123	0.1329	0.0567	0.0817	0.1147	51.2138	52.2983	46.5914
17	2.7599	0.0288	-0.4716	2.1587	1.067	2.1604	0.007	0.0692	0.1009	0.0035	-0.0582	0.1983	-0.4184	-0.2463	0.0511	0.1582	0.11	0.0637	-0.1665	0.043	-0.131	-10.7442	-25.9518	51.9769
18	21.1231	5.405	15.3599	1.567	2.4727	22.7193	0.1939	0.5654	0.1935	0.1996	-0.0019	-0.5686	-0.7382	0.3707	-0.1919	0.4456	-0.0745	0.1358	-0.3552	-0.0248	-0.1314	8.4659	-16.0632	66.0111
19	22.1127	9.1687	4.2834	15.1262	-0.4638	2.3287	0.5241	0.1367	0.4943	0.8971	-0.1278	0.1744	0.1744	-0.1565	-0.3964	0.5706	0.0424	0.2057	-0.3827	-0.0196	-0.1579	-0.2876	-8.6615	71.365
20	6.2834	-1.1362	-1.155	5.0683	1.6869	5.6346	0.1562	0.1421	0.2679	-0.3765	-0.1329	0.4726	-0.1888	-0.0933	-0.0232	0.3665	0.0393	0.2124	-0.5093	0.1016	0.0494	-10.228	5.1826	57.5131
21	3.6219	0.1357	0.7182	2.1892	0.7058	3.2116	0.1467	0.0756	-0.093	-0.1244	0.0917	-0.2638	-0.2629	0.2838	-0.2383	0.0249	-0.104	0.0764	-0.1152	-0.0083	-0.1445	12.8035	-38.304	41.4622
22	17.8759	11.5174	11.7363	11.9841	8.5329	7.9121	0.1201	0.0337	0.5119	-0.7033	-0.0647	0.5081	0.0399	-0.3889	-0.0554	0.1401	-0.0062	-0.0237	-0.0534	0.0213	-0.1968	-6.4768	-51.1447	30.2344
23	10.4238	1.2858	4.5483	2.6606	-2.1093	9.9942	0.3768	0.8691	-0.024	0.2666	-0.0823	-0.2971	0.2744	-0.0717	-0.2945	0.1211	0.1015	0.0608	0.0041	0.0182	-0.2082	2.4876	-57.2747	23.5059
24	6.0606	-2.4367	0.2235	6.5254	-0.2785	5.7304	-0.0435	0.4544	0.2322	-0.5964	0.4666	-0.7689	-0.5565	1.0176	-0.4231	-0.0701	-0.163	0.1952	0.255	-0.0996	-0.2628	13.5608	-44.3768	10.0988
25	3.4094	-0.5966	-0.8216	3.7284	0.0238	2.4014	0.1027	0.0493	-0.0482	-0.2609	0.0908	0.3432	-0.0341	-0.2344	-0.1935	-0.1218	-0.0241	-0.0513	-0.0295	0.0405	-0.1095	-10.1262	-58.9462	39.9409
26	9.1708	9.9516	1.1733	16.2935	-2.0197	6.1499	0.2823	0.1867	-0.3856	0.0971	-0.1287	-0.9077	-0.585	0.4298	-0.1536	0.0368	-0.0812	0.1096	-0.08	-0.0212	-0.1201	10.6966	-46.601	31.3947
27	25.0914	0.2925	-8.6981	5.472	0.4095	8.3893	0.5408	0.7288	-0.2071	-0.1372	-0.0217	-0.0342	-0.4924	0.1682	-0.5191	0.204	0.0433	0.042	-0.0255	-0.0012	-0.3047	2.7958	-41.0247	23.4539
28	6.046	-2.9971	2.8578	5.808	1.7027	8.2375	-0.1097	-0.171	-0.4607	0.1753	0.4516	0.1897	0.5896	-0.4988	-0.3419	0.0848	-0.0604	0.0498	0.1333	0.1001	-0.3018	-7.2406	-54.2118	9.0656
29	3.4026	1.6947	-0.2198	2.9746	-1.5157	5.5752	0.0023	0.0297	-0.2644	-0.1161	-0.0857	-0.2637	0.05	0.6928	0.0834	-0.151	-0.0054	0.0042	-0.0431	-0.0211	-0.029	10.9762	-74.349	51.6252
30	3.0305	4.7466	-4.3716	8.1409	-9.9755	20.1587	0.1733	0.4408	-0.2878	0.3717	-0.1118	0.2513	-0.1318	-0.3287	-0.0615	-0.0407	0.0174	0.0522	-0.1948	0.0363	0.0779	-7.1336	-83.7153	66.7385
31	3.6613	-2.6239	-6.1881	5.6336	0.4051	14.7856	0.7842	-0.6645	0.7251	0.8347	-0.4002	-1.3197	-0.6742	0.6447	-0.384	-0.1241	-0.0341	-0.0818	-0.2038	-0.0887	0.4904	3.781	-91.4037	69.8431
32	3.485	1.4597	0.1503	6.5643	1.5287	3.108	-0.1689	-0.0947	-0.025	-0.6209	-0.0282	-0.6126	0.0323	-0.0069	0.1971	-0.1538	0.0321	0.1111	-0.2213	0.0173	0.1167	7.3693	-104.7955	54.3879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	115 - 230	9 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	231 - 244	125 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	245 - 261	139 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	262 - 336	156 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	115 - 230	9 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	231 - 244	125 - 138
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	245 - 261	139 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	262 - 336	156 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	115 - 230	9 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	231 - 244	125 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	245 - 261	139 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	262 - 336	156 - 230
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	115 - 230	9 - 124
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	231 - 244	125 - 138
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	245 - 261	139 - 155
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	262 - 336	156 - 230
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	E	115 - 230	9 - 124
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	E	231 - 244	125 - 138
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	E	245 - 261	139 - 155
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	E	262 - 336	156 - 230
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	F	115 - 230	9 - 124
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	F	231 - 244	125 - 138
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	F	245 - 261	139 - 155
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	F	262 - 336	156 - 230
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	G	115 - 230	9 - 124
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	G	231 - 244	125 - 138
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	G	245 - 261	139 - 155
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	G	262 - 336	156 - 230
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	H	115 - 230	9 - 124
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	H	231 - 244	125 - 138
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	H	245 - 261	139 - 155
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	H	262 - 336	156 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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