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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fjc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum | ||||||
要素 | Antigen TpF1 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Mini ferritin / iron binding protein / antigen (抗原) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Thumiger, A. / Polenghi, A. / Papinutto, E. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum. 著者: Thumiger, A. / Polenghi, A. / Papinutto, E. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Structure of the neutrophil-activating protein from Helicobacter pylori 著者: Zanotti, G. / Papinutto, E. / Dundon, W. / Battistutta, R. / Seveso, M. / Giudice, G. / Rappuoli, R. / Montecucco, C. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: The crystal structure of Dps, a ferritin homologue that binds and protects DNA 著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The dodecameric ferritin from listeria innocua contains a novel intersubunit iron-binding site 著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structure of two iron-binding proteins from Bacillus anthracis 著者: Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Pitulis, N. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fjc.cif.gz | 466.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fjc.ent.gz | 386.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fjc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fjc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ji4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17252.652 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) 遺伝子: tpf1 / プラスミド: pSM214G-TpF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl 1blue / 参照: UniProt: P16665 #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 6000, 8% ethylene glycol, 0.1 M Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→185 Å / Num. all: 111030 / Num. obs: 111030 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 11886 / % possible all: 70.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1JI4 解像度: 2.5→59.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1010942.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4013 Å2 / ksol: 0.349013 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.37 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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