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- PDB-2f8o: A Native to Amyloidogenic Transition Regulated by a Backbone Trigger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8o
タイトルA Native to Amyloidogenic Transition Regulated by a Backbone Trigger
要素Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / beta-sandwich / amyloid (アミロイド) / class-1 MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Β2-ミクログロブリン / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 ...Β2-ミクログロブリン / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Eakin, C.M. / Berman, A.J. / Miranker, A.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A native to amyloidogenic transition regulated by a backbone trigger.
著者: Eakin, C.M. / Berman, A.J. / Miranker, A.D.
履歴
登録2005年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7072
ポリマ－23,7072
非ポリマー00
水6,323351
1
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin

A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4134
ポリマ－47,4134
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.948, 89.948, 54.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a dimer containing one of the copies in the asymmetric unit and its symmetry-mate generated by the operation: y, x, -z

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11853.319 Da / 分子数: 2 / 変異: P32A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 31% PEG 4000, 25% glycerol, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate; drops contained 1ul of ~19 mg/ml protein, 1ul of mother liquor, and 1ul of 0.05M sodium acetate pH 5.6, VAPOR ...詳細: 31% PEG 4000, 25% glycerol, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate; drops contained 1ul of ~19 mg/ml protein, 1ul of mother liquor, and 1ul of 0.05M sodium acetate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 25244 / Num. obs: 25232 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.827 / % possible all: 99.6

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位相決定

Phasing dmFOM : 0.91 / FOM acentric: 0.91 / FOM centric: 0.93 / 反射: 16403 / Reflection acentric: 13931 / Reflection centric: 2472
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.6-46.7360.930.930.94797507290
3.5-5.60.930.930.9422571785472
2.8-3.50.920.920.9427552317438
2.5-2.80.910.910.9227522376376
2.1-2.50.910.90.9148544280574
2-2.10.90.90.9129882666322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.09位相決定
REFMAC5.2.0011精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LDS

1lds


解像度: 1.7→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.614 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22717 1288 5.1 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.18587 23868 99.66 %-
all-25241 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.657 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 0 351 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.9372186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6743.0032674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.395186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4724.04884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.82115274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.733158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1261252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7666372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.77891534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2526904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2069652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 92 -
Rwork0.263 1698 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.897-0.83790.54320.9039-0.56491.2629-0.0157-0.0020.06130.1095-0.0637-0.0954-0.1454-0.06140.0795-0.04070.0018-0.0108-0.0578-0.0155-0.02333.191319.257912.4272
21.7748-0.2816-0.79341.44480.79171.25390.0731-0.28610.05160.075-0.0794-0.00530.1036-0.11570.0063-0.07760.0318-0.00070.0523-0.0423-0.094610.041316.409115.2179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 975 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 975 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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