[日本語] English
万見
- PDB-2f73: Crystal structure of human fatty acid binding protein 1 (FABP1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f73
タイトルCrystal structure of human fatty acid binding protein 1 (FABP1)
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / fatty acid binding protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / antioxidant activity ...response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / antioxidant activity / Triglyceride catabolism / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / phospholipid binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kursula, P. / Thorsell, A.G. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Holmberg Schiavone, L. ...Kursula, P. / Thorsell, A.G. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Holmberg Schiavone, L. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Hallberg, B.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human FABP1
著者: Kursula, P. / Thorsell, A.G. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Holmberg Schiavone, L. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. ...著者: Kursula, P. / Thorsell, A.G. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Holmberg Schiavone, L. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Hallberg, B.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2005年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
B: Fatty acid-binding protein, liver
C: Fatty acid-binding protein, liver
D: Fatty acid-binding protein, liver
E: Fatty acid-binding protein, liver
F: Fatty acid-binding protein, liver
G: Fatty acid-binding protein, liver
H: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2818
ポリマ－134,2818
非ポリマー00
水72140
1
A: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7851
ポリマ－16,7851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.052, 78.134, 235.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, liver / L-FABP


分子量: 16785.117 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9781 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 49103 / Num. obs: 49103 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5391 / Rsym value: 0.655 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LFO

1lfo


解像度: 2.5→20 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The twinning operator k,h,-l and the twinning fraction 0.27 were used in the refinement. THis is pseudomerohedral twinning.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2858 2088 -Test reflections were selected such that they are not related to the working set via the twinning operator
Rwork0.2503 ---
all-48193 --
obs-48193 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8536 0 0 40 8576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.81

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る