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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eda | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC AND FLUORESCENCE STUDIES OF THE INTERACTION OF HALOALKANE DEHALOGENASE WITH HALIDE IONS: STUDIES WITH HALIDE COMPOUNDS REVEAL A HALIDE BINDING SITE IN THE ACTIVE SITE | ||||||
要素 | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
キーワード | DEHALOGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Verschueren, K.H.G. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Crystallographic and fluorescence studies of the interaction of haloalkane dehalogenase with halide ions. Studies with halide compounds reveal a halide binding site in the active site. 著者: Verschueren, K.H. / Kingma, J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes 著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eda.cif.gz | 77.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eda.ent.gz | 58.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eda.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eda_validation.pdf.gz | 364.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eda_full_validation.pdf.gz | 375.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eda_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eda_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/2eda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/2eda | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 57 AND 168 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35175.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE DEHALOGENASE HAS BEEN SOAKED IN 5 MM IODOACETAMIDE. ONLY THE IODIDE WAS FOUND, INCLUDED BETWEEN ...THE DEHALOGENA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.2 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.19 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 12376 / % possible obs: 81.2 % / Num. measured all: 34777 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.19→15 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.3 Å2 |