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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eaa | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Adzuki Bean 7S Globulin-3 | ||||||
要素 | 7S globulin-3 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / BETA BARREL / CUPIN SUPERFAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vigna angularis (アズキ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Fukuda, T. / Mikami, B. / Utsumi, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2008 タイトル: Characterization and crystallography of recombinant 7S globulins of Adzuki bean and structure-function relationships with 7S globulins of various crops. 著者: Fukuda, T. / Maruyama, N. / Salleh, M.R. / Mikami, B. / Utsumi, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eaa.cif.gz | 248.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eaa.ent.gz | 199.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eaa_validation.pdf.gz | 488.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eaa_full_validation.pdf.gz | 523 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eaa_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eaa_validation.cif.gz | 69.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/2eaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/2eaa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49823.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna angularis (アズキ) / 遺伝子: 7S-3 / プラスミド: pEAdzuki7S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: A4PIA0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% MPD, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate, 2.0M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 69062 / Num. obs: 69062 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Num. unique all: 6784 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2EA7 解像度: 2.25→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2656502.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4143 Å2 / ksol: 0.351261 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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