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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e5d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human NMPRTase complexed with nicotinamide | ||||||
要素 | Nicotinamide phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NMPRTase / PBEF / Visfatin / PRTase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell-cell signaling / 細胞結合 / nuclear speck / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Takahashi, R. / Nakamura, S. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2010 タイトル: Structure and reaction mechanism of human nicotinamide phosphoribosyltransferase 著者: Takahashi, R. / Nakamura, S. / Nakazawa, T. / Minoura, K. / Yoshida, T. / Nishi, Y. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e5d.cif.gz | 210.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e5d.ent.gz | 165.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/2e5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/2e5d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56378.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 38-40% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 50mM Tris-HCl, 200mM KCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 71647 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique all: 4513 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2H3B 解像度: 2→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.566 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.214 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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