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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dva | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of peanut lectin GAL-BETA-1,3-GALNAC-ALPHA-O-ME (Methyl-T-antigen) complex | |||||||||
要素 | Galactose-binding lectin | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / LEGUME LECTIN / AGGLUTININ / OPEN QUATERNARY STRUCTURE / CARBOHYDRATE SPECIFICITY | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Arachis hypogaea (トウジンマメ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Natchiar, S.K. / Srinivas, O. / Mitra, N. / Surolia, A. / Jayaraman, N. / Vijayan, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006 タイトル: Structural studies on peanut lectin complexed with disaccharides involving different linkages: further insights into the structure and interactions of the lectin 著者: Natchiar, S.K. / Srinivas, O. / Mitra, N. / Surolia, A. / Jayaraman, N. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of peanut lectin, a protein with an unusual quaternary structure 著者: Banerjee, R. / Mande, S.C. / Ganesh, V. / Das, K. / Dhanaraj, V. / Mahanta, S.K. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Conformation, protein-carbohydrate interactions and a novel subunit association in the refined structure of peanut lectin-lactose complex 著者: Banerjee, R. / Das, K. / Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 1997 タイトル: The Specificity of Peanut Agglutinin for Thomsen-Friedenreich Antigen is Mediated by Water-Bridges 著者: Ravishankar, R. / Ravindran, M. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #4: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004 タイトル: Structural plasticity of peanut lectin: an X-ray analysis involving variation in pH, ligand binding and crystal structure 著者: Natchiar, S.K. / Jeyaprakash, A.A. / Ramya, T.N. / Thomas, C.J. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #5: ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 2006 タイトル: Multivalency in Lectins. A Crystallographic Modellin and Light-Scattering Study Involving Peanut Lectin and a Bivalent Ligand 著者: Natchiar, S.K. / Srinivas, O. / Nivedita, M. / Sagarika, D. / Jayaraman, N. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dva.cif.gz | 212.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dva.ent.gz | 167.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dva_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dva_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2dva_validation.xml.gz | 48.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dva_validation.cif.gz | 71.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/2dva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/2dva | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Biological Molecule is a tetramer. Asymmetric unit contains one biological molecule. |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25208.955 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-236 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: P02872 #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranoside |
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-非ポリマー , 4種, 1019分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 7.5% PEG 8000, 0.025M Sodium cadodylate, 0.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 61874 / Num. obs: 60730 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 6059 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PEL 解像度: 2.2→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2123335.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: MLF TARGET
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.7497 Å2 / ksol: 0.300578 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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