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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2du3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus O-phosphoseryl-tRNA synthetase complexed with tRNACys and O-phosphoserine | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/RNA / alpha4 tetramer / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-phospho-L-serine-tRNA ligase / phosphoserine-tRNA(Cys) ligase activity / tRNA aminoacylation / tRNA binding / 翻訳 (生物学) / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Fukunaga, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural insights into the first step of RNA-dependent cysteine biosynthesis in archaea. 著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2du3.cif.gz | 256.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2du3.ent.gz | 202.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2du3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/2du3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/2du3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer of O-phosphoseryl-tRNA synthetase with two bound tRNACys molecules generated from the dimer O-phosphoseryl-tRNA synthetase with one bound tRNACys molecule in the asymmetric unit by the operations: y, x, -z |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 22932.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 61265.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O30126, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% PEG 6000, 1.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 61176 / Num. obs: 60911 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 52 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2314213.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.8185 Å2 / ksol: 0.339374 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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