PDB-2ch5: Crystal structure of human N-acetylglucosamine kinase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ch5

タイトル

Crystal structure of human N-acetylglucosamine kinase in complex with N-acetylglucosamine

要素

NAGK PROTEIN

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

N-ACETYLGLUCOSAMINE (N-アセチルグルコサミン) /

GLCNAC (N-アセチルグルコサミン) / SUGAR KINASE / RIBONUCLEASE H FOLD / SUGAR KINASE/HSP70/ACTIN SUPERFAMILY / DOMAIN ROTATION / OPEN CONFORMATION / CLOSED CONFORMATION /

HYPOTHETICAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

muramyl dipeptide kinase activity /

N-acetylglucosamine kinase /

N-acetylglucosamine kinase activity /

N-acylmannosamine kinase / N-acetylmannosamine metabolic process / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / N-acetylglucosamine metabolic process /

転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / N-acetylneuraminate catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Weihofen, W.A. / Berger, M. / Chen, H. / Saenger, W. / Hinderlich, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structures of Human N-Acetylglucosamine Kinase in Two Complexes with N-Acetylglucosamine and with Adp/Glucose: Insights Into Substrate Specificity and Regulation.
著者: Weihofen, W.A. / Berger, M. / Chen, H. / Saenger, W. / Hinderlich, S.

履歴

登録	2006年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ch5.cif.gz	292.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ch5.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ch5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/2ch5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/2ch5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ch6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ch6-2 6gxc-d 3eph-2 3kem-d 3vaz-3 3zgn-d 2fsk-d 4bga-2 6lho-d 3zgl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAGK PROTEIN

B: NAGK PROTEIN

C: NAGK PROTEIN

D: NAGK PROTEIN

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAGK PROTEIN

B: NAGK PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NAGK PROTEIN

D: NAGK PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.537, 98.482, 101.981
Angle α, β, γ (deg.)	63.43, 75.66, 75.06
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99999, 0.00436, 0.0007), (0.00254, 0.43832, 0.89882), (0.00362, 0.89881, -0.43833)	104.64798, -14.31278, 22.33683
2	given	(-1, 0.00098, 0.00078), (-0.00114, -0.46022, -0.88781), (-0.00051, -0.88781, 0.46022)	101.34024, 253.64937, 150.31953
3	given	(0.99998, -0.00537, -0.00375), (-0.00527, -0.99965, 0.02596), (-0.00389, -0.02594, -0.99966)	4.65503, 232.13608, 184.94237

#1: タンパク質

NAGK PROTEIN / HUMAN N-ACETYLGLUCOSAMINE KINASE / PROTEIN TMP_LOCUS_2 / GLCNAC KINASE

分子量: 37790.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: CDNA FROM THE RESOURCE CENTER OF THE GERMAN HUMAN GENOME PROJECT
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6IA84, UniProt: Q9UJ70*PLUS,

N-acetylglucosamine kinase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル /

グリセリン

分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 糖

ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

N-TERMINAL CLONING ARTEFACTS (3 RESIDUES) LINKED TO CHAINS A, B, C, D.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化	pH: 5.6 詳細: 100 MM HEPES PH 7.0, 100 MM NACL, 8% (W/V) PEG 4000, 2MM GLCNAC

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→2.05 Å / Num. obs: 140534 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.9→2.05 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: HUMAN N-ACETYLGLUCOSAMINE KINASE IN COMPLEX WITH ADP AND GLUCOSE

解像度: 1.9→90.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.135 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 292 TO 294 OF CHAIN A, 294 TO 298 OF CHAIN B, 293 TO 297 OF CHAIN C, AND 294 TO 298 OF CHAIN D ARE PARTIALLY DISORDERED AND WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	2817	2 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.167	137744	93.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0.04 Å²	-1.37 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0.83 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→90.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10482	0	89	1272	11843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	10792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.969	14565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3.001	22857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.032	5	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.889	23.132	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.438	15	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.688	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	9793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	5909
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.081	1.5	8712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.291	2	10687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.277	3	4740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.228	4.5	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.282	186
R_work	0.232	8615

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.495	0.0865	-0.2086	2.0946	-0.1667	1.2875	-0.02	-0.0462	-0.2882	-0.0696	-0.0193	-0.0161	-0.0917	-0.0376	0.0393	-0.1271	0.0029	-0.022	-0.0846	0.0115	0.0332	43.109	72.47	87.695
2	1.1477	0.2951	-0.3804	1.3084	-0.5768	1.2515	0.0678	-0.1473	0.0537	0.3364	-0.0834	-0.1241	-0.1778	0.035	0.0156	0.0625	-0.0135	-0.0766	-0.1168	-0.0277	-0.0727	54.88	97.49	91.116
3	3.4878	2.8208	0.1358	3.2395	-0.1692	0.0865	0.1175	-0.4424	-0.1186	0.5369	-0.1646	0.1462	-0.2689	-0.2037	0.0472	0.0169	-0.0093	-0.0329	-0.0328	0.0281	-0.0282	39.839	76.769	101.958
4	1.3631	0.2254	-0.24	1.4097	0.3431	1.6924	-0.0257	0.2936	-0.0365	0.0754	0.0539	-0.0813	0.0872	0.0318	-0.0282	-0.1301	-0.0022	-0.0246	0.0403	-0.0019	-0.0664	61.977	96.513	49.284
5	1.3347	0.0672	-0.2885	1.0944	-0.299	1.5473	0.0112	0.065	0.2222	0.0575	0.0031	-0.0364	-0.1887	-0.0556	-0.0143	-0.0233	0.0195	-0.0495	-0.1254	-0.0171	-0.0351	50.253	110.545	70.312
6	3.9156	-2.3215	-2.0514	2.6104	1.8056	2.2158	0.1341	0.4833	0.3046	-0.1251	-0.0596	-0.1306	-0.3787	-0.0206	-0.0745	-0.0444	-0.0008	-0.0097	0.0348	0.061	-0.0298	65.295	111.217	46.884
7	1.4731	-0.3426	0.2671	1.3205	-0.0272	2.1378	0.0241	-0.1969	0.1474	-0.0776	-0.0255	-0.0159	0.0269	-0.0057	0.0014	-0.1231	-0.0357	-0.0097	0.0336	-0.0191	-0.0725	58.475	138.891	132.056
8	1.0993	-0.164	0.5473	0.7818	-0.4772	1.9333	0.1178	-0.0424	-0.0662	-0.0498	-0.0174	-0.006	0.4435	-0.1412	-0.1004	0.0833	-0.0649	-0.032	-0.0914	-0.0083	-0.1059	46.513	124.551	111.417
9	2.9306	1.8383	2.046	1.1641	1.3994	2.6561	0.1677	-0.202	-0.2231	-0.0175	-0.0982	-0.2264	0.5595	0.0543	-0.0695	0.0273	-0.0337	-0.0409	0.0238	0.0058	-0.073	61.674	124.317	134.693
10	1.1372	-0.0086	0.4262	2.0338	-0.0637	1.2004	0.0074	-0.0166	0.1998	0.1111	-0.0331	0.038	0.0325	-0.0386	0.0258	-0.1395	0.0047	0.0113	-0.0812	0.0208	0.0266	39.691	161.946	92.9
11	0.8772	-0.2581	0.4559	1.0101	-0.3002	1.4063	0.0718	0.0531	-0.0034	-0.1234	-0.0716	-0.0663	0.1341	0.0579	-0.0002	-0.0054	0.0053	0.0046	-0.0707	0.0098	-0.0417	51.359	136.779	90.174
12	2.9079	-2.8769	-1.0911	4.0728	1.4079	0.8968	0.1214	0.2895	0.1437	-0.3782	-0.1211	0.1063	0.1225	-0.2094	-0.0003	-0.0229	0.0157	-0.0038	-0.0437	0.0508	0.0277	36.397	157.303	78.767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	126 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	341 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	312 - 340
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	126 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	341 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	312 - 340
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	126 - 292
11	X-RAY DIFFRACTION	8	C	341 - 344
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	312 - 340
13	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 125
14	X-RAY DIFFRACTION	11	D	126 - 293
15	X-RAY DIFFRACTION	11	D	341 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	312 - 340

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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