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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cd8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YC-17-bound cytochrome P450 PikC (CYP107L1) | ||||||
要素 | CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASEシトクロムP450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME P450 (シトクロムP450) / PIKC / YC-17 / MACROLIDE MONOOXYGENASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / HEME (ヘム) / IRON (鉄) / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yermalitskaya, L.I. / Kim, Y. / Sherman, D.H. / Waterman, M.R. / Podust, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: The Structural Basis for Substrate Anchoring, Active Site Selectivity, and Product Formation by P450 Pikc from Streptomyces Venezuelae. 著者: Sherman, D.H. / Li, S. / Yermalitskaya, L.V. / Kim, Y. / Smith, J.A. / Waterman, M.R. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cd8.cif.gz | 172.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cd8.ent.gz | 134.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/2cd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/2cd8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99785, 0.04482, 0.04776), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48268.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア) プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O87605 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FIRST 20 RESIDUES INCLUDING 6X HIS-TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE FROM THE CLONING VECTOR PET28A | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M MGCL2, 0.5 MM DTT, 1 MM YC-17, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97872 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 78149 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BVJ 解像度: 1.7→39.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 153672.18 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.4233 Å2 / ksol: 0.372924 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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