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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c8c | ||||||
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タイトル | Structure of the ARTT motif Q212A mutant C3bot1 Exoenzyme (NAD-bound state, crystal form I) | ||||||
要素 | MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / C3 EXOENZYME / ARTT MOTIF / BACTERIAL TOXINS / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Stura, E.A. / Menetrey, J. / Flatau, G. / Boquet, P. / Menez, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: Structural Basis for the Nad-Hydrolysis Mechanism and the Artt-Loop Plasticity of C3 Exoenzymes. 著者: Menetrey, J. / Flatau, G. / Boquet, P. / Menez, A. / Stura, E.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Nad Binding Induces Conformational Changes in Rho Adp-Ribosylating Clostridium Botulinum C3 Exoenzyme. 著者: Menetrey, J. / Flatau, G. / Stura, E.A. / Charbonnier, J.B. / Gas, F. / Teulon, J.M. / Ledu, M.H. / Boquet, P. / Menez, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c8c.cif.gz | 171.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c8c.ent.gz | 137 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23534.918 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P15879, UniProt: Q7M0L1*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ADP / | 構成要素の詳細 | ADP-RIBOSYLATES EUKARYOTIC RHO AND RAC PROTEINS ON AN ASPARAGINE RESIDUE ENGINEERED RESIDUE IN ...ADP-RIBOSYLATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 % |
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結晶化 | 詳細: 22.5% PEG 3350 W/W, 100 MM LI2SO4, 100 MM SODIUM CITRATE PH 3.0, 3-10% MPEG 550 V/V |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→39.84 Å / Num. obs: 24821 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GZF 解像度: 2.7→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 15.101 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.84 Å
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拘束条件 |
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