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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c5k | ||||||
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タイトル | N-terminal domain of tlg1 complexed with N-terminus of vps51 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT-COMPLEX / SNARE / VFT COMPLEX / PHOSPHORYLATION (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GARP complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / budding cell apical bud growth / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / intracellular sphingolipid homeostasis / Golgi to endosome transport / vesicle organization / 小胞融合 / vesicle docking ...GARP complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / budding cell apical bud growth / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / intracellular sphingolipid homeostasis / Golgi to endosome transport / vesicle organization / 小胞融合 / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / protein targeting to vacuole / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of cell size / positive regulation of macroautophagy / 細胞内膜系 / SNARE binding / intracellular protein transport / ゴルジ体 / エンドサイトーシス / protein transport / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / エンドソーム / ゴルジ体 / ゴルジ体 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Fridmann-Sirkis, Y. / Kent, H.M. / Lewis, M.J. / Evans, P.R. / Pelham, H.R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Traffic / 年: 2006 タイトル: Structural Analysis of the Interaction between the Snare Tlg1 and Vps51. 著者: Fridmann-Sirkis, Y. / Kent, H.M. / Lewis, M.J. / Evans, P.R. / Pelham, H.R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c5k.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c5k.ent.gz | 27 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c5k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/2c5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/2c5k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2970.432 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL RESIDUES 9-32 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P36116 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11244.396 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-95 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03322 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 % |
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結晶化 | pH: 6.25 詳細: 9MG/ML PROTEIN, 66% SAT AMSO4, 10MM NA CITRATE PH 6.25 FROZEN IN 20% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月8日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→31 Å / Num. obs: 8616 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2C5I 解像度: 2.05→52.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.998 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→52.34 Å
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拘束条件 |
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